乡村违规建筑行政处罚主体根据具体情况有所不同，主要包括乡、镇人民政府、区城管局（综合行政执法局）、区农业农村局以及海门自然资源和规划局等。以下是对这一问题的详细分析：

一、行政处罚主体的确定原则

行政处罚主体的确定通常遵循“谁主管、谁负责”的原则，即根据违规建筑的具体位置、性质以及相关法律法规的规定，由相应的行政机关负责查处。

二、具体行政处罚主体及情形

1. 乡、镇人民政府：

   • 情形：负责查处乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，乡、镇人民政府对乡、村庄规划区内的建设活动具有监管职责。

2. 区城管局（综合行政执法局）：

   • 情形：负责查处城市、镇规划区内建设用地上的违法建设，包括未按照有效的建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证建设的情形。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》和《江苏省城乡规划条例》的规定，区城管局（综合行政执法局）对城市、镇规划区内的违法建设具有行政处罚权。

3. 区农业农村局：

   • 情形：负责查处农村村民非法占地（不区分土地性质）建造住宅的行为。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，区农业农村局对农村村民非法占地建房的行为具有行政处罚权。但需注意，若该行为同时涉及未按照有效的建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证建设，则可能由区城管局（综合行政执法局）或镇人民政府（街道办事处）管辖。

4. 海门自然资源和规划局：

   • 情形：负责查处城市、镇、村庄规划区外的违法建设以及城市、镇、村庄规划区内非建设用地上的违法建设。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，海门自然资源和规划局对土地利用和规划具有监管职责，因此对上述情形的违法建设具有行政处罚权。

三、特殊情形下的行政处罚主体

• 跨区域违法建设：以违建主体结构所在区域或非法占地面积较大的区域确定管辖主体。
• 具备多种使用功能的违法建设：以主要功能确定管辖主体。
• 无法明确管辖主体的情形：可提交区司法局以区政府名义作个案决定。

四、建议与注意事项

• 了解相关法律法规：农村居民在建房前应充分了解相关法律法规和规划要求，确保建设活动合法合规。
• 及时咨询相关部门：若对建设活动是否合法存在疑问，应及时咨询当地规划、国土等部门，避免因违规建设而面临行政处罚。
• 积极配合行政处罚：若因违规建设而面临行政处罚，应积极配合相关部门的调查和处理工作，争取从轻或减轻处罚。

在实际操作中，如果遇到乡村违规建筑行政处罚主体不明确或存在争议的情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供准确的法律意见。