结论：若个人企业中的员工贪污公款后死亡，公司无法再追究其刑事责任，但贪污的公款仍需依法处理。

一、刑事责任方面

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。这意味着，如果贪污公款的员工已经死亡，那么无论其贪污行为多么严重，公司或司法机关都无法再对其追究刑事责任。这是因为刑事责任是针对活体个人的法律责任，一旦个人死亡，其刑事责任能力也随之消失。

二、贪污公款处理方面

虽然无法追究死亡员工的刑事责任，但贪污的公款并不会因此“消失”。根据相关法律规定，对于贪污贿赂犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人死亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。法院经审理后，会依法裁定没收相关违法所得，并上缴国库。

具体流程：

1. 启动程序：司法机关在发现贪污公款且犯罪嫌疑人已死亡的情况下，会启动违法所得没收程序。
2. 申请没收：人民检察院会向人民法院提出没收违法所得的申请，并提交相关证据材料。
3. 法院审理：人民法院会依法审理该申请，并作出是否没收的裁定。
4. 执行裁定：如果法院裁定没收违法所得，那么相关财产将被上缴国库。

三、公司角度的建议

1. 及时报案：如果公司发现员工有贪污公款的行为，应及时向司法机关报案，以便尽快启动调查程序。
2. 配合调查：在司法机关调查过程中，公司应积极配合，提供必要的证据和资料。
3. 关注后续处理：即使贪污员工已死亡，公司也应关注后续的法律处理程序，确保贪污公款得到妥善处理。
4. 加强内部管理：公司应加强内部管理，完善财务制度和监督机制，防止类似事件再次发生。

举例说明：

假设某公司员工张某利用职务之便贪污了公司大量公款后因病去世。此时，公司无法再追究张某的刑事责任。但是，公司可以向司法机关报案，并配合调查。司法机关在调查过程中发现张某确实存在贪污行为后，会启动违法所得没收程序。最终，法院会裁定没收张某贪污的公款，并上缴国库。

总之，虽然无法追究死亡员工的刑事责任，但贪污的公款仍需依法处理。公司应积极配合司法机关的工作，确保贪污公款得到妥善处理，并加强内部管理以防止类似事件再次发生。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。