员工签合伙人协议并不必然违法，其合法性取决于协议的具体内容、签订背景以及是否符合相关法律法规。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、协议内容合法性

1. 自愿平等原则：合伙人协议的签订应当基于双方自愿、平等磋商的原则。如果协议是在双方自愿、平等的基础上签订的，且没有欺诈、胁迫等行为，那么该协议通常是合法有效的。
2. 内容合规性：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不能损害社会公共利益和他人合法权益。例如，协议中不能包含限制员工合法权益、违反劳动法律法规或违背公序良俗的内容。如果协议内容存在违法或违规之处，那么该协议可能会被认定为无效或部分无效。

二、签订背景合法性

1. 员工身份与协议性质：员工与公司签订合伙人协议时，需要明确员工的身份以及协议的性质。如果员工是以独立承包商或合伙人的身份参与合作，而非传统的雇佣关系，那么签订合伙人协议可能是合适的。然而，如果员工实际上处于雇佣关系中，而公司试图通过签订合伙人协议来规避劳动法律法规规定的义务，那么这种做法可能是违法的。
2. 公司行为合法性：公司在签订合伙人协议时，需要确保其行为合法合规。例如，公司不能采用不当手段强迫员工签字，或未充分阐述协议重要条款。如果公司存在这些行为，那么员工有权拒绝签订协议，并可能因此引发法律纠纷。

三、法律后果与风险提示

1. 协议无效后果：如果合伙人协议被认定为无效或部分无效，那么双方需要承担相应的法律后果。例如，无效部分可能不再执行，双方可能需要返还因协议无效而获得的财产或利益。
2. 法律纠纷风险：如果合伙人协议存在争议或纠纷，双方可能需要通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。这些过程可能会耗费双方的时间和精力，并可能带来一定的经济损失。

四、建议与操作指南

1. 明确协议内容：在签订合伙人协议前，双方应当明确协议的内容、权利和义务等关键条款。这有助于避免后续可能出现的纠纷和争议。
2. 咨询专业律师：由于合伙人协议涉及复杂的法律问题，建议双方在签订前咨询专业律师的意见。律师可以对协议进行合法性审查，并提供专业的法律建议。
3. 保留相关证据：在签订和履行合伙人协议过程中，双方应当保留相关证据，如协议文本、往来信函、聊天记录等。这些证据在后续可能出现的纠纷中可能起到关键作用。

如果有任何关于合伙人协议或其他公司法务问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。