关于就业协议上应该盖什么章的问题，这主要取决于毕业生的就业情况、档案存放地以及用人单位的具体要求。以下是对这一问题的详细解答：

一、就业协议盖章的基本原则

就业协议作为毕业生、用人单位和学校三方之间的法律约定，其盖章应确保协议的法律效力。原则上，就业协议上应加盖用人单位的公章或人事部门公章，因为这些印章能够代表用人单位的意志，并承担相应的法律责任。

二、不同情况下的盖章要求

1. 档案存放在人才市场：

   • 如果毕业生的档案存放在人才市场，那么就业协议上除了需要加盖用人单位的公章外，还需要在用人单位主管部门或人事代理机构意见一栏加盖人才市场的章。这是因为人才市场作为档案的管理方，需要对毕业生的就业情况进行确认和备案。

2. 档案存放在用人单位：

   • 如果毕业生的档案直接存放在用人单位，那么通常只需要加盖用人单位的公章即可。在这种情况下，用人单位的人事部门或相关部门会负责处理毕业生的档案和就业手续。

三、关于部门章的特殊情况

虽然原则上应加盖用人单位的公章或人事部门公章，但在某些特定情况下，如果用人单位的部门章被正式授权并符合当地法律法规的规定，那么盖部门章也是可以被接受的。然而，这种情况相对较少见，且需要确保部门章具有法律效力，并能够代表用人单位的意志。为了避免未来可能出现的纠纷，建议在签署就业协议之前，先与用人单位的人力资源部门或法务部门进行沟通，明确他们可以接受的盖章方式。

四、盖章流程与注意事项

1. 盖章流程：

   • 毕业生需先与用人单位签订就业协议，并在用人单位意见栏加盖用人单位公章。
   • 根据档案存放地的不同，前往人才市场或相关部门加盖用人单位主管部门或人事代理机构意见章。
   • 确保《就业协议书》一式三份，填写、盖章一致，以确保协议的法律效力。

2. 注意事项：

   • 在盖章前，务必与用人单位确认盖章要求，避免因盖章问题导致协议无效。
   • 保管好《就业协议书》，避免出现遗失或损坏等情况。
   • 如果就业协议盖章后需要更换工作，需谨慎处理，可能需要重新更换就业协议并前往新用人单位盖章。

综上所述，就业协议上应盖什么章主要取决于毕业生的就业情况、档案存放地以及用人单位的具体要求。为了确保协议的法律效力，建议在签署前与用人单位进行充分沟通并确认盖章要求。