企业通过微信发工资的合法性需根据具体情况判断，但通常存在法律风险，不建议作为常规支付方式。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性分析
双方协商一致且符合规定：
- 若企业与员工经过充分沟通，共同同意采用微信作为工资发放方式，并且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放，同时满足货币支付的本质要求（即微信转账实际为货币支付的一种形式），且不违反其他相关法律法规（如税务申报、社保缴纳等），则微信发工资在法律上可能被认可。但这种情况较为特殊，且需满足多重条件。
通常情况下的不合法性：
- 社保与税务监管问题：当前我国对于企业的社会保险与地方税务事务实施联网监管。若企业运用个人微信进行转账式工资支付，可能无法在国家系统中生成相应的记录，从而逃避社会保险缴纳及个人所得税等应尽的义务。
- 工资支付规定：根据我国相关劳动法规以及工资支付规定，用人单位通常应通过正式的公共账户向劳动者支付工资，并代为缴纳社会保险及个人所得税等各类费用。微信作为个人支付工具，并不符合这一常规要求。
二、需要注意的问题与风险
举证困难：
- 若双方未明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议（如工资拖欠、金额不符等），劳动者可能面临举证困难。因为微信转账记录可能不足以单独作为工资支付的充分证据。
记录有效性：
- 微信转账记录易于删除或篡改，可能影响其作为法律证据的有效性。劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，以备不时之需。但即便如此，其证据效力仍可能受到质疑。
系统故障风险：
- 微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。这将对劳动者的权益造成直接影响。
税务风险：
- 通过微信发放工资可能不利于税务监管。企业需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。
三、合法合规性建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括是否允许微信支付）、支付时间等关键条款。这有助于减少后续争议，并保障双方权益。
优先选择对公账户：
- 为确保税收及社保的合理处理，企业应优先选择通过对公账户发放工资。这符合常规要求，也有助于降低法律风险。
应急情况下的处理：
- 在特殊情况下（如公司财务系统故障或银行转账受阻），为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，可采用微信方式应急发放工资。但这种情况应作为例外处理，并尽快恢复常规支付方式。
总结与建议：虽然从法律条文上看，微信发工资并未被明确禁止，但考虑到社保与税务监管、工资支付规定以及实际操作中的风险与问题，不建议企业将微信作为常规的工资支付方式。企业应优先选择通过对公账户发放工资，并确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税及社保费用。若您在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。