针对您提出的“厂房租赁合同没到期，但规定违约赔偿三月房租，保证金能退吗”这一问题，以下是我的详细解答：
结论前置
保证金（押金）能否退还，主要取决于租赁合同的具体条款、双方的协商结果以及是否存在违约行为。若合同中有明确约定保证金退还的条件，则按约定执行；若无明确约定或约定不明确，则需根据法律规定及双方实际情况来判断。
可以退还保证金的情况
合同有相关约定：
- 如果租赁合同中明确规定了保证金的退还条件和方式，例如因不可抗力、出租方违约或双方协商一致等情形可退还保证金，那么当这些情形出现时，承租方有权要求按照合同约定退还保证金。
出租人存在违约行为：
- 若出租人违约导致承租人不得不提前解除合同（如厂房存在严重质量问题且未及时修复，或出租人未经同意擅自进入干扰经营等），承租人不仅可以要求退还保证金，还有权要求出租人承担违约责任。
双方协商一致：
- 即使合同未到期，如果承租人与出租人就提前解除合同及保证金退还事宜达成一致意见，出租人也应按照协商结果退还保证金。
无明确不退保证金的约定且承租人无违约：
- 如果合同中没有明确规定提前解除合同不退保证金，且承租人能够证明自己没有违约行为（如已按时支付租金，房屋无损坏等），那么出租人应当退还保证金。
不能退还保证金的情况
合同明确约定不予退还：
- 如果租赁合同中明确规定，承租人提前解除合同时保证金不予退还，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么出租人无需退还保证金。但需注意，此处的“违约赔偿三月房租”与保证金退还可能是两个独立条款，需分别审视。
承租人违约且无合理理由：
- 如果承租人没有任何合理理由单方面提前解除合同，属于违约行为。此时，出租人有权依据合同约定或法律规定扣除保证金作为违约金。但同样需注意，违约赔偿与保证金退还可能需分别计算，具体取决于合同条款。
特殊情况说明
- 违约赔偿与保证金退还的关系：
- 合同中规定的“违约赔偿三月房租”与保证金退还是两个独立的问题。即使承租人需要支付违约赔偿，也不一定意味着保证金就不能退还。这取决于合同中是否将两者关联起来，以及关联的具体方式。
实际操作建议
仔细查阅合同条款：
- 在签订合同时，务必仔细阅读并理解合同条款中关于保证金的性质、退还条件和方式等关键信息。这是判断保证金能否退还的最直接依据。
保留证据：
- 在处理保证金退还问题时，请确保保留好相关证据，如租赁合同、付款凭证、沟通记录等。这些证据在必要时将起到关键作用。
协商解决：
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，建议首先尝试与出租人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。协商是解决纠纷的最有效方式之一。
法律途径：
- 如果协商无果且争议较大，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。在选择处理方式时，请综合考虑效率、成本和证据的充分性。
综上所述，厂房租赁合同未到期时保证金能否退还并非一成不变，而是需要根据租赁合同的具体条款、相关法律规定以及双方的实际情况来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。