申请保全和以职权保全（这里理解为依职权保护中的保全措施）的主要区别体现在启动方式、权利人义务、担保要求、海关处理方式及后续程序上。以下是对这两者的详细比较：

1. 启动方式

• 申请保全：也称为被动保护，是指知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口时，主动向货物进出境地海关提出扣留申请。这种保全措施依赖于权利人的主动发现和申请。
• 以职权保全（依职权保护中的保全）：也称为主动保护，是指海关在监管过程中发现进出口货物涉嫌侵犯已备案知识产权时，主动通知权利人并由权利人申请扣留。这种保全措施依赖于海关的主动发现和通知。

2. 权利人义务

• 申请保全：权利人需要主动发现违法线索，并向海关提交保护申请和相关材料，包括扣留侵权嫌疑货物申请书、权利人身份证明、相关权利证明文件等。
• 以职权保全：权利人在收到海关的确权通知后，只需在规定时间内（如3个工作日内）书面答复是否提出知识产权保护申请并提供担保，不必提交其他证明材料。

3. 担保要求

• 申请保全：权利人需要提供与货物等值的担保，且没有最高限额，这可能导致权利人的维权成本较高。
• 以职权保全：权利人提交的担保最高不超过一定金额（如10万元），且涉嫌侵犯商标专用权的，还可以申请总担保，从而降低了维权成本。

4. 海关处理方式

• 申请保全：海关在接受权利人的申请后，只对货物实施扣留，不进行实质性调查，也不对货物进行处理。需要权利人自行采取司法救济措施，如向人民法院提起诉讼。
• 以职权保全：海关在扣留货物后，将进行实质性调查，并依法作出行政处理决定，如没收货物并处罚款。

5. 后续程序

• 申请保全：如果海关在规定期限内未收到人民法院责令停止侵权行为或者财产保全措施的协助执行书面通知，应当放行货物。
• 以职权保全：海关在作出处罚决定后，将在货物处置完毕并结清有关费用后依法退还担保或解除担保责任。如果海关认定不侵权或者不能认定是否侵权，且未在规定期限内收到人民法院协助执行通知的，也将解除货物扣留并放行货物。

实际应用中的建议

• 对于权利人而言，如果发现明确的侵权线索，且希望快速采取行动，可以选择申请保全。但需要注意提供充分的担保，并自行承担后续的司法救济程序。
• 如果权利人希望降低维权成本，并依赖海关的主动发现和调查，可以选择以职权保全。但需要确保知识产权已在海关备案，以便海关能够及时发现并通知权利人。

在实际操作中，权利人应根据具体情况和需求选择合适的保全方式。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。