结论：能否将预付款从种业公司退回，需根据具体情况判断，主要涉及合同约定、公司退款政策及法律规定的解除权或撤销权等因素。以下分情况说明：

1. 合同有明确退款条款

若您与种业公司签订的合同中明确约定了预付款的退款条件（如未履行合同、交货延迟等），且您符合退款条件，则公司应按合同约定退还预付款。
操作建议：

• 核对合同条款，确认退款条件是否成就；
  
• 书面通知公司要求退款，并保留通知证据（如邮件、短信等）；
  
• 若公司拒绝，可依据合同起诉要求履行退款义务。

2. 合同无明确条款，但公司同意退款

若合同未约定退款条款，但种业公司出于商业信誉或协商结果同意退款，则退款可行。
操作建议：

• 与公司协商，明确退款金额、时间及方式；
  
• 签订书面退款协议，避免口头承诺的纠纷；
  
• 保留协商记录（如录音、聊天记录）作为证据。

3. 合同未约定且公司拒绝退款

若合同无退款条款且公司拒绝退款，您需通过法律途径主张权利，常见情形包括：

（1）合同未履行或无法履行

若种业公司未按约定提供种子或服务，导致合同目的无法实现，您可依据《民法典》第563条主张解除合同，并要求退还预付款。
操作建议：

• 收集公司未履行的证据（如交货单、沟通记录等）；
  
• 书面通知公司解除合同并要求退款；
  
• 若公司拒绝，可向法院起诉要求解除合同并返还预付款。
  

（2）重大误解或欺诈

若您在签订合同时存在重大误解（如种子品种与约定不符），或公司存在欺诈行为（如虚假宣传），您可依据《民法典》第147条或第148条主张撤销合同，并要求退还预付款。
操作建议：

• 收集误解或欺诈的证据（如宣传资料、聊天记录等）；
  
• 书面通知公司撤销合同并要求退款；
  
• 若公司拒绝，可向法院起诉要求撤销合同并返还预付款。
  

（3）情势变更

若合同履行后出现不可预见的重大变化（如自然灾害导致种植无法进行），且继续履行对一方明显不公平，您可依据《民法典》第533条主张变更或解除合同，并要求退还预付款。
操作建议：

• 收集情势变更的证据（如气象证明、政府文件等）；
  
• 与公司协商变更或解除合同；
  
• 若协商不成，可向法院起诉要求调整合同或返还预付款。
  

4. 预付款性质影响退款

若预付款被认定为“定金”，则需适用定金罚则：

• 若您违约，无权要求返还定金；
  
• 若公司违约，需双倍返还定金。
  操作建议：
  
• 核对合同是否明确约定预付款为“定金”；
  
• 若未明确约定，可主张预付款非定金，要求全额返还。
  

总结：能否退款需结合合同约定、公司政策及法律规定综合判断。建议您先核对合同条款，再与公司协商；若协商无果，可依据法律途径主张权利。如有进一步问题，可直接向我咨询。