施工许可证原件通常应由甲方（建设单位）持有，但在实际操作中，原件的保管可能因项目具体情况和合同约定而有所不同。不过，从法律责任和办理流程的角度来看，甲方是办理施工许可证的主要责任方。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律责任角度
根据《建筑工程施工许可管理办法》的相关规定，建设单位（甲方）作为工程项目的发起者和主要责任人，承担着办理施工许可证等前期手续的重要职责。这一规定旨在确保工程项目能够依法依规顺利推进，同时也有利于建设单位从整体上对工程项目进行统筹规划和协调。因此，从法律责任的角度来看，甲方是办理施工许可证并持有原件的法定责任方。
二、实际操作角度
原件保管：虽然甲方是办理施工许可证的主要责任方，但在实际操作中，原件的保管可能因项目具体情况和合同约定而有所不同。例如，有些项目可能约定由总承包方（施工方）保管原件，以便在施工过程中随时查验。然而，这种约定并不改变甲方作为办理施工许可证的主要责任方的法律地位。
复印件使用：在施工过程中，各方可能需要使用施工许可证的复印件来办理相关手续或进行备案。因此，即使原件由甲方保管，总承包方和其他相关方也可以获得复印件以供使用。
三、特殊情况考虑
小型工程项目：根据相关规定，如果工程的投资额在30万元以下或者建筑面积在300平方米以下，建设单位可以选择不申请办理施工许可证。在这种情况下，自然也就不存在施工许可证原件的保管问题。
合同约定：如果甲方和总承包方在合同中明确约定了施工许可证原件的保管方和使用方式，那么各方应按照合同约定执行。但需要注意的是，这种约定不得违反法律法规的强制性规定。
四、法律建议
明确合同条款：在签订施工合同时，甲方和总承包方应明确约定施工许可证原件的保管方、使用方式以及相关责任。这有助于避免在施工过程中因原件保管问题而产生纠纷。
遵守法律法规：无论施工许可证原件由哪方保管，各方都应严格遵守相关法律法规的规定，确保工程项目的合法性和合规性。
及时沟通协调：在施工过程中，如果因施工许可证原件的保管或使用问题而产生争议，各方应及时沟通协调，寻求妥善解决方案。
如有任何关于施工许可证或其他法律问题的疑问，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。