结论前置：若工资被扣用于偿还贷款，需分情况判断该行为的合法性，具体如下：

1. 若贷款方为银行等正规金融机构，且存在合法有效的扣款协议
   根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》及《民法典》合同编相关规定，若您在办理贷款时签署了“自动扣款授权书”或类似协议，明确约定了工资账户作为还款账户，且贷款方已按法定程序通知您（如短信、邮件等），则银行有权在还款日直接从您的工资卡中扣款。
   关键点：需同时满足“协议合法有效”“通知到位”“扣款金额未超过约定范围”三个条件。若您对扣款金额或协议内容有异议，可要求贷款方提供扣款依据（如还款计划表、协议原文），若发现违规操作（如超额扣款、未通知），可向当地银保监会投诉或通过诉讼主张返还。

2. 若贷款方为非金融机构（如个人、小额贷公司），或未签署合法扣款协议
   根据《民法典》第119条（民事权利的行使）及《商业银行法》第29条（银行不得擅自扣划客户资金），任何单位或个人无权未经您同意直接从您的工资卡中扣款。即使您逾期未还款，贷款方也需通过合法途径追讨，如协商、起诉并申请法院强制执行，而非私自扣款。
   关键点：若遇到此类情况，您可立即联系银行冻结账户（防止进一步扣款），同时收集证据（如扣款记录、贷款合同），向当地公安机关报案（涉嫌非法侵占）或向法院起诉贷款方侵权，要求赔偿损失并停止侵权行为。

3. 若公司直接扣款（非贷款方操作）
   根据《工资支付暂行规定》第15条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在以下法定情形：代扣个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费/赡养费、因劳动者过错造成的经济损失赔偿（且每月扣除不得超过工资的20%）。若公司以“代偿贷款”为由扣款，且未经过您书面同意或未符合法定扣除情形，则属于违法行为。
   关键点：您可向当地劳动监察大队投诉（要求公司补发工资），或申请劳动仲裁（主张工资差额及赔偿金）。同时，需核实公司是否与贷款方存在关联（如公司为贷款担保方），若存在，需进一步分析法律关系。

建议行动步骤：

• 第一步：核实扣款方身份（银行/非金融机构/公司），并要求其提供扣款依据（协议、法院文书等）；
  
• 第二步：若扣款方无法提供合法依据，立即联系银行冻结账户，并保留扣款记录（银行流水、短信通知等）；
  
• 第三步：根据扣款方身份，选择向银保监会、公安机关、劳动监察部门或法院主张权利；
  
• 第四步：若涉及大额资金或复杂法律关系，可整理材料后向我详细咨询，我会结合具体证据提供进一步方案。

温馨提示：贷款逾期可能影响个人征信，但即使如此，任何单位或个人都需通过合法途径追讨债务，私自扣款可能涉及侵权或违法。遇到此类问题，务必保持冷静，依法维权。