核心结论：合同签订日期晚于合同起始日期时，印花税的缴纳通常以合同所载金额和实际签订日期为准，但需结合合同具体条款和税务规定处理。以下是具体分析：

1. 印花税的计税依据与时间节点

根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，印花税的计税依据为合同所载金额，纳税义务发生时间为合同书立（即签订）之日。若合同中明确约定了起始日期（如租赁合同自某日起生效），但实际签订日期晚于该起始日期，税务机关通常以合同签订日期作为纳税义务发生时间，而非合同起始日期。

示例：

• 合同条款：“租赁期自2023年1月1日至2024年12月31日，合同于2023年3月1日签订。”
  
• 印花税纳税义务发生时间：2023年3月1日（签订日），而非1月1日（起始日）。

2. 合同条款与税务处理的冲突风险

若合同中同时约定了起始日期和签订日期，且未明确纳税义务时间，可能引发以下问题：

• 税务机关的认定：通常以合同签订日期为准，但若合同条款存在歧义（如“合同自签订之日起生效，但起始日期为某日前”），可能被要求补充说明或按实际履行情况调整。
• 补缴风险：若税务机关认为合同起始日期为实际履行日，而纳税人未按此缴纳印花税，可能面临补缴、滞纳金甚至罚款。

建议：
在合同中明确约定“印花税纳税义务发生时间为合同签订之日”，避免歧义。

3. 特殊情形：合同追溯生效

若合同明确约定“追溯至某日起生效”（如补签合同），但实际签订日期晚于生效日，需注意：

• 税务处理：仍以签订日期为纳税义务发生时间，但合同金额可能包含追溯期间的费用（如租金、服务费），需全额计税。
• 证据留存：建议保留合同生效条件成就的证据（如实际履行记录），以应对税务检查。

4. 实务操作建议

1. 合同条款设计：
   
   • 明确约定“印花税纳税义务发生时间为合同签订之日”。
     
   • 避免使用“自某日起生效，但签订日期为某日后”等模糊表述。
     
2. 纳税申报：
   
   • 按合同签订日期申报印花税，确保与税务机关认定一致。
     
   • 若合同金额包含追溯期间费用，需全额申报。
     
3. 风险防范：
   
   • 留存合同签订过程证据（如邮件、签字页）。
     
   • 定期自查印花税申报情况，避免遗漏或错误。

总结：合同签订日期晚于起始日期时，印花税通常以签订日期为准，但需通过合同条款明确纳税义务时间，并保留相关证据以防范风险。如有具体合同或税务争议，可进一步提供细节，我将为您详细分析。