针对您提出的“海关限定区域扰乱秩序怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律法规及行政权责清单为您提供的详细解答：

一、处罚依据

根据《中华人民共和国出境入境管理法》第八十二条的规定，对于扰乱口岸限定区域管理秩序的行为，将给予相应的行政处罚。该法律条款明确规定了处罚的情形和幅度。

二、处罚情形及幅度

1. 一般情形：

   • 对于扰乱口岸限定区域管理秩序的行为，首先会给予警告，并可以并处二千元以下罚款。这是针对一般违规行为的处罚措施。

2. 情节严重情形：

   • 如果扰乱口岸限定区域管理秩序的行为情节严重，那么除了给予警告外，还可以并处五日以上十日以下拘留。这是针对更为严重违规行为的处罚措施。

三、处罚程序

在实施处罚时，相关部门（如旗公安局）会遵循以下程序：

1. 立案责任：发现扰乱口岸限定区域管理秩序情节严重的违法行为后，会进行审查并决定立案。

2. 调查责任：对立案的案件，会指定专人负责，及时组织调查取证。调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述并作记录，同时保守有关秘密。

3. 审查责任：审查案件调查报告，对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行审查，并提出处理意见。

4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，会制作《行政处罚通知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。如果符合听证规定，还会制作并送达《行政处罚听证告知书》。

5. 决定责任：制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。

6. 送达责任：按照法律规定的方式将行政处罚决定书送达当事人。

四、追责情形

如果履行出境入境管理职责的工作人员在处理此类案件时存在违法行为，如违反法律、行政法规为不符合规定条件的人员签发证件、泄露个人信息、不按照规定上缴罚款等，将依法给予处分。

综上所述，对于扰乱海关限定区域管理秩序的行为，将根据情节的严重程度给予相应的行政处罚，包括警告、罚款以及拘留等。同时，相关部门在实施处罚时会遵循严格的程序，确保处罚的公正性和合法性。希望以上解答能够对您有所帮助。