您好，关于机动车跑限行区域的处罚问题，这确实是一个因地区而异的规定，但通常都会包括罚款、扣分以及警告等几种处理方式。下面我将为您详细解释这些处罚措施，并提供一些实际操作建议。
一、基本处罚措施
罚款：
- 大多数城市对于违反限行规定上路行驶的车辆，会处以一定金额的罚款。这个金额通常在20元至300元之间，具体数额会根据当地交通管理部门的规定来确定。例如，北京对于违反尾号限行规定的车辆，通常会处以100元罚款。
扣分：
- 部分地区除了罚款外，还会对违反限行规定的行为进行扣分处理。常见的扣分标准是扣3分，但并非所有地区都采取此措施，具体需关注当地的规定。
警告：
- 对于初次违反限行规定的车辆，部分城市可能仅给予警告处罚，通过短信或其他方式提醒车主遵守限行规则。但这种警告一般只针对首次违规，再次违反则会实施罚款等更严厉的处罚手段。
不重复处罚原则：
- 若车主在限行日当天已被警察抓住并处罚，之后若再遇检查，只要出示之前的处罚凭证，将不再重复处罚。电子监控设备抓拍也遵循此原则，即一天内多次被抓拍也只作一次处罚。
特殊情况处理：
- 部分城市对于确属忘记限行日而无意违规的车辆，在接受了一次处罚后，若在3个小时内将车辆驶出限行区域，可避免二次处罚。
二、法律依据
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。这为限行处罚提供了明确的法律依据。
三、不受限行措施的车辆
- 以下车辆通常不受限行措施的限制：军车、警车、消防车、救护车和工程救险车；公共汽车、长途客车、出租车、校车、旅游客车、邮政专用车、运钞车，以及环卫、园林、道路养护的专项作业车辆；殡仪馆的殡葬车辆；依法持有特定通行证的车辆；法律法规规定的其他不受行驶路线、行驶方向限制的车辆。
四、实际操作建议
提前查询：车主在出行前应通过当地交通管理部门的官方网站、公众号等渠道，仔细了解并遵守当地的限行规定和处罚标准。
谨慎驾驶：在限行时段内，尽量避免驶入限行区域，以免受到不必要的处罚。
保留凭证：若已接受处罚，应妥善保存处罚凭证，以便在遇到再次检查时作为证明。
综上所述，机动车跑限行区域的处罚规定确实因地区而异，但通常都包括罚款、扣分以及警告等处理方式。为了确保您的出行合规且避免不必要的法律后果，我建议您在出行前务必了解并遵守当地的限行规定。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地交通管理部门或相关机构。