针对您提出的“分居第二次起诉离婚期间，与他人怀孕怎么办”的问题，以下是我的详细解答：
一、法律后果分析
可能构成重婚罪：
- 若您在与配偶婚姻关系存续期间，与他人以夫妻名义共同生活并怀孕，可能涉嫌重婚罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百五十八条，有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
- 关键点：是否以夫妻名义共同生活。若仅是短暂交往或未公开同居，可能不构成重婚罪，但仍可能面临道德谴责和民事赔偿。
离婚诉讼中的影响：
- 在离婚诉讼中，您与他人怀孕的事实可能被对方作为感情破裂的证据，影响法院对离婚请求的判决。根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
- 关键点：怀孕事实可能加剧感情破裂的认定，但并非决定性因素。法院会综合考虑双方感情状况、分居时间、子女抚养等因素。
子女抚养权问题：
- 若您与他人所生子女在离婚诉讼中涉及抚养权争议，法院会根据子女的权益和双方的具体情况判决。根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
- 关键点：法院会优先考虑子女的成长环境、教育条件、双方经济能力等因素。
二、应对建议
坦诚面对，积极沟通：
- 在离婚诉讼中，坦诚面对自己的行为，积极与对方沟通，寻求和解或协商离婚。避免隐瞒或逃避，以免加剧矛盾。
收集证据，准备应诉：
- 若对方提起离婚诉讼，并指控您与他人怀孕的事实，您应收集相关证据（如医疗记录、交往记录等），以证明自己的行为并未构成重婚或严重伤害对方感情。同时，准备应诉材料，积极应对诉讼。
关注子女权益，妥善处理抚养问题：
- 若涉及子女抚养权争议，您应关注子女的权益和需求，提出合理的抚养方案。与对方协商或通过法院判决确定抚养权和抚养费支付方式。
三、特别提醒
- 道德约束与法律责任：在婚姻关系存续期间，应遵守道德规范和法律义务，避免与他人发生不正当关系。即使分居期间，婚姻关系仍然存在，您的行为仍可能受到法律和道德的约束。
- 及时咨询，专业处理：离婚诉讼涉及复杂的法律问题和情感纠葛，建议您及时咨询专业律师（比如我），以便更好地维护自己的合法权益。
最后，我想强调的是，无论面临何种情况，都应保持冷静和理性，依法处理问题。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。