建设工程纠纷在双方存在有效仲裁协议的前提下，可以通过仲裁方式解决。以下是对这一问题的详细分析：

一、仲裁的前提与法律依据

根据我国《仲裁法》的相关规定，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，均可申请仲裁。建设工程纠纷，作为合同纠纷的一种，自然也在可仲裁的范围之内。但前提是，双方当事人必须自愿达成有效的仲裁协议。这一协议可以在建设工程合同中明确约定，也可以在纠纷发生前或发生后以其他书面方式另行达成。

二、仲裁协议的内容要求

有效的仲裁协议应明确以下关键内容：

1. 仲裁事项：即针对哪些具体的建设工程纠纷进行仲裁，如工程价款的结算与支付纠纷、工程质量纠纷、工期延误纠纷等。明确仲裁事项有助于确保仲裁的针对性和有效性。
2. 选定的仲裁委员会：双方需共同选定一个具有管辖权的仲裁委员会来处理纠纷。这是仲裁程序得以启动和进行的基础。
3. 仲裁意愿：双方应明确表示愿意通过仲裁方式解决纠纷，这是仲裁协议成立的重要条件。

三、仲裁的优势

与诉讼相比，仲裁在建设工程纠纷领域具有以下显著优势：

1. 程序灵活：当事人可以选择自己信任的仲裁员，并根据实际情况灵活安排仲裁程序，从而提高纠纷解决的效率。
2. 专业性强：仲裁员通常具备专业的工程技术和法律知识，能够更好地理解和处理复杂的建设工程纠纷。
3. 高效保密：仲裁实行一裁终局制，相较于诉讼的多级审判程序，能更高效地解决纠纷。同时，案件不公开审理，有利于保护当事人的商业秘密和声誉。

四、仲裁的终局性

仲裁裁决作出后，即具有法律效力。当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院将不会受理。因此，在选择仲裁作为解决方式时，当事人应慎重考虑并充分评估其可能带来的后果。

五、无仲裁协议时的处理方式

如果双方没有达成有效的仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会将不予受理。此时，当事人只能通过向有管辖权的人民法院提起诉讼来解决建设工程纠纷。诉讼作为另一种纠纷解决方式，虽然程序相对复杂且耗时较长，但在某些情况下可能是当事人维护自身权益的必要选择。

六、实际操作建议

1. 在合同中明确约定仲裁条款：为避免后续纠纷，建议在建设工程合同中明确约定仲裁条款，包括仲裁事项、选定的仲裁委员会以及仲裁意愿等。
2. 确保仲裁协议的有效性：仲裁协议应采用书面形式，并明确、具体地约定仲裁事项和选定的仲裁委员会。避免因协议内容不明确或存在歧义而导致仲裁无法顺利进行。
3. 了解仲裁程序和规则：在选择仲裁作为纠纷解决方式前，当事人应了解仲裁的程序和规则，以便更好地参与仲裁过程并维护自身权益。

如有任何关于建设工程纠纷仲裁的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。