针对您提出的问题，即法院判决支付3000元但已实际支付6000元医疗费，多给的钱应如何处理，以下是我的详细解答：

1. 多付金额的性质与处理原则：

   • 在法院判决后，若实际支付的金额超过了判决确定的金额，这部分多付的款项在法律上通常被视为“超额支付”。
   • 根据民事法律原则，超额支付的部分并不构成对原告的额外赔偿或赠与，因此，原告有义务返还这部分多收的款项。

2. 具体处理方式：

   • 协商返还：首先，您可以与原告进行协商，明确告知其多收的款项，并请求其返还。这种方式最为直接且成本较低，有助于维护双方的良好关系。
   • 法律途径：若协商无果，您可以考虑通过法律途径来追回多付的款项。具体来说，您可以向法院提起一个新的诉讼，请求法院判决原告返还多收的款项。在此过程中，您需要提供充分的证据，如支付凭证、法院判决书等，以证明您确实多付了款项。

3. 可能面临的法律后果与建议：

   • 原告拒绝返还：若原告拒绝返还多收的款项，且您选择通过法律途径解决，那么法院可能会判决原告返还多付的款项，并可能要求其承担一定的诉讼费用。
   • 证据保留：在此过程中，务必保留好所有相关的支付凭证和法院判决书等证据，以便在需要时提供证明。
   • 及时行动：建议您在发现多付款项后尽快与原告协商或采取法律行动，以避免因时间拖延而导致证据丢失或诉讼时效过期等问题。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 沟通方式：在与原告协商时，尽量保持冷静和理性，避免情绪化的言辞或行为，以免加剧矛盾。
   • 法律程序：若选择通过法律途径解决，务必遵循法律程序，按照法院的要求提交相关证据和材料，以确保诉讼的顺利进行。

总结来说，若法院判决支付3000元但您已实际支付6000元医疗费，多给的钱原告应当返还。您可以通过与原告协商或采取法律途径来追回这部分多付的款项。在此过程中，务必保留好相关证据，并遵循法律程序进行操作。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。