针对您提出的“一个村两个大队房屋能过户吗合法吗”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，农村房屋的过户问题主要涉及到房屋产权和宅基地使用权的流转。在我国，宅基地的所有权归村集体经济组织所有，而个人仅具有宅基地的使用权，不具备所有权。因此，宅基地本身是不能进行买卖的，但宅基地上的房屋作为可以转让的财产，其所有权是可以过户的。

对于同村不同大队（或称为不同村民小组）的房屋买卖过户问题，关键在于以下几点：

1. 房屋产权证书的办理：房屋产权证书是在不动产登记中心办理的，与农业农村部门无直接关系。因此，房屋买卖过户的具体手续应联系当地的不动产登记中心进行咨询和办理。

2. 宅基地使用权的流转条件：

   • 征得村委会同意：在宅基地使用权转让前，必须得到所在村委会的同意，以保障村集体的利益。
   • 受让人资格：受让人必须具有村集体经济组织成员资格，且没有宅基地使用权，同时符合申请宅基地的相关条件。
   • 不得再申请宅基地：根据法律规定，农村村民在出卖住宅后，不得再次申请宅基地。

3. 合法性：只要满足上述条件，并遵循相关法律法规，同村不同大队的房屋买卖过户是合法的。但需要注意的是，宅基地的所有权不能直接过户给个人，因为它始终属于村集体。房屋的新主人可以获得的是房屋和宅基地的使用权。

4. 办理流程：具体办理流程可能因地区而异，但一般包括签订房屋买卖合同、征得村委会同意、办理房屋产权过户手续等步骤。建议您在办理前咨询当地的不动产登记中心或相关部门，以获取准确的办理流程和所需材料。

综上所述，一个村两个大队的房屋在满足一定条件下是可以过户的，且这种过户是合法的。但需要注意的是，宅基地的所有权不能直接过户，而是随房屋一并流转使用权。在办理过程中，请务必遵循相关法律法规和程序要求，以确保交易的合法性和公正性。