交工申请函是否需要按单位工程分开，需结合具体工程情况和管理要求来确定，一般有以下两种情况：

1. 按单位工程分开提交
   若项目由多个独立的单位工程组成（如一栋办公楼、一座桥梁、一段道路等），且各单位工程具备独立的验收条件（如完成合同约定内容、质量合格、资料齐全等），通常建议按单位工程分别提交交工申请函。

   • 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第十六条，建设单位收到建设工程竣工报告后，应组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收；验收合格后，方可交付使用。若单位工程独立具备验收条件，分开申请符合“分阶段验收”的实务要求。
     
   • 实务优势：便于明确各单位工程的验收责任、时间节点，避免因部分工程未完成而拖延整体项目验收；同时符合工程资料分类管理的要求（如分单位工程整理竣工资料）。
     

2. 合并提交交工申请函
   若项目为整体工程（如一个厂区、一条完整线路），或各单位工程间存在紧密的工艺关联、验收依赖关系（如化工装置需整体联动调试），可合并提交交工申请函。

   • 注意事项：需在申请函中明确各单位工程的完成情况、验收条件，并附上整体项目的质量评估报告、监理意见等材料，确保验收流程的完整性。
     

建议：

• 优先查阅施工合同、监理规范或当地建设主管部门的要求，部分地区可能明确规定“按单位工程验收”；
  
• 若合同无约定，可与建设单位、监理单位协商确定申请方式，以书面形式确认（如会议纪要、补充协议），避免后续争议。
  

如有具体工程场景或合同条款需要分析，可直接向我咨询。