结论前置：在个人无法开发票的情况下与公司签订协议，可通过以下方式处理合同及税务问题，确保合法合规：

1. 明确合同主体与税务责任

• 个人作为合同主体：若个人以自然人身份与公司签订协议（如劳务合同、服务合同），需在合同中明确约定“个人无法提供发票，但同意按税法规定承担个人所得税等纳税义务”。
• 公司代扣代缴：合同可约定由公司代扣代缴个人所得税（如劳务报酬所得），并在支付款项时向个人提供完税证明。此方式需符合《个人所得税法》及实施条例，避免个人逃税风险。

2. 选择替代性税务处理方式

• 核定征收：若个人收入符合地方税务机关核定征收条件（如个体工商户未达起征点），可申请按核定税率缴纳税款，无需开具发票。需在合同中注明“双方同意按核定征收方式处理税务问题”。
• 自然人代开：个人可向税务机关申请代开发票（如劳务费发票），需提供身份证、合同等材料，并缴纳相应税费。合同中应明确“个人承诺在收到款项后X日内向税务机关申请代开发票”。

3. 调整合同形式与付款方式

• 分阶段付款：将合同款项拆分为多阶段支付，每阶段付款前要求个人提供部分发票或完税证明，降低公司税务风险。
• 第三方平台结算：通过具备税务合规资质的第三方平台（如灵活用工平台）支付款项，由平台代开发票并处理税务问题。合同中需明确“双方同意通过XX平台完成结算，平台负责开具合法发票”。

4. 风险防范条款

• 违约责任：在合同中约定“若个人未按约定提供发票或完税证明，公司有权暂停支付款项，并要求个人承担因此产生的税费、滞纳金等损失”。
• 解除权：明确“若个人长期无法提供发票导致公司无法入账，公司有权单方解除合同，并要求个人返还已支付款项”。

5. 合规建议

• 避免现金交易：所有款项应通过银行转账支付，并保留转账记录作为付款凭证。
• 咨询税务机关：在签订合同前，建议个人向当地税务机关咨询具体税务政策，确保操作符合地方规定。

总结：个人无法开发票时，可通过明确税务责任、选择替代性税务处理方式、调整合同形式及加入风险防范条款等方式，确保合同合法有效。如有具体场景或金额较大，建议进一步细化合同条款，并直接向我咨询税务合规细节。