民间借贷案判决后双方自行处理完毕，需通过法院正式结案的，可按以下步骤操作：

1. 确认履行情况
   双方需明确判决确定的义务是否已全部履行完毕，包括本金、利息、违约金等款项的支付，以及诉讼费、保全费等费用的承担。若存在未履行部分，需先完成履行，否则法院不会出具结案证明。

2. 提交结案申请
   由原告或被告向承办法院提交书面结案申请，内容应包括：

   • 案件基本信息（案号、当事人姓名、判决日期等）；
     
   • 判决履行情况说明（附转账凭证、收条等证据）；
     
   • 申请结案的请求。
     若双方协商一致，可共同提交申请，并附上和解协议（如有）。

3. 法院审查与结案
   法院收到申请后，会审查履行证据的真实性、完整性。若确认无误，法院将出具《民事裁定书》或《结案通知书》，明确案件已执行完毕，终结诉讼程序。此文书是案件正式结案的法律依据。

4. 特殊情形处理

   • 若被告未主动履行：原告可向法院申请强制执行，由执行局通过查封、扣押、拍卖等措施实现债权。执行完毕后，法院会直接出具结案证明。
     
   • 若双方达成和解：需将和解协议提交法院备案，法院确认后按协议内容结案。若和解后一方反悔，另一方可申请恢复执行原判决。

注意事项：

• 结案后，法院会将案件信息归档，当事人可凭身份证到法院档案室调取结案文书。
  
• 若涉及财产保全，需在结案后申请解除保全措施，避免影响财产正常使用。
  
• 结案不意味着债权消灭，若判决涉及分期履行或长期义务，需在履行完毕后再次申请结案。

如有具体案件细节或操作疑问，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细指导。