当个人档案在公司出现问题时，处理方式会依据具体问题的性质而有所不同。以下是一些常见情况及其对应的处理建议：

一、档案丢失

如果公司不慎丢失了员工的个人档案，员工有权要求公司进行补办。根据相关法律法规，如《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》以及《最高人民法院关于人事档案被原单位丢失后当事人起诉原用人单位补办人事档案并赔偿经济损失是否受理的复函》，保存档案的企事业单位若丢失他人档案，应当承担相应的民事责任。员工可以申请劳动仲裁或在仲裁后提起民事诉讼，责令公司补办档案，并可能要求赔偿因此造成的经济损失。

二、拒绝转档

在员工离职时，如果公司以各种理由（如离职交接手续不全）扣押员工档案，拒绝转档，这是不合法的。根据《劳动合同法》第五十条的规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。无论员工离职交接手续是否完备，用人单位都有义务及时将其个人档案转出。如果公司拒绝转档，员工有权要求公司赔偿因此遭受的损失，并可以通过法律途径维护自己的权益。

三、档案查询受限

对于员工个人而言，通常无权直接查询自己的档案内容，特别是当档案属于流动人员人事档案时。根据《流动人员人事档案管理暂行规定》，查阅流动人员人事档案应办理审批手续，且任何个人不得查阅或借用本人及其直系亲属的档案。因此，如果员工希望了解自己档案中的具体内容，需要通过合法途径，如向公司或相关档案管理机构提出正式申请，并遵循规定的程序进行。

四、建议与预防措施

1. 加强档案管理：公司应建立健全的档案管理制度，确保档案的完整性和安全性。
2. 及时沟通：在员工离职或档案出现问题时，公司应及时与员工沟通，明确问题所在，并共同寻求解决方案。
3. 法律意识：公司应增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，避免因档案问题而引发法律纠纷。
4. 员工教育：公司可以定期对员工进行档案管理方面的培训和教育，提高员工对档案重要性的认识。

综上所述，当个人档案在公司出现问题时，员工应首先了解问题的性质，然后依据相关法律法规和公司政策来寻求解决方案。同时，公司也应积极采取措施，加强档案管理，避免类似问题的发生。