企业工资不打卡，而是通过支付宝发放，这一做法是否合法，需结合具体情况来判断，但总体来说，若符合相关法律法规要求，则是合法的。以下从不同角度进行分析：

合法情形

1. 双方协商一致：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资支付方式可以由用人单位与劳动者协商确定。如果劳动者同意通过支付宝等电子支付方式接收工资，并且这种支付方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式就是合法的。
   • 例如，劳动者在入职时与用人单位签订了书面劳动合同，合同中明确约定了工资通过支付宝支付，且劳动者对此表示同意，那么这种支付方式就是合法的。

2. 符合税务和财务规定：

   • 用人单位通过支付宝支付工资时，需要确保支付过程符合税务和财务规定。这包括正确计算和代扣代缴个人所得税、确保支付记录的真实性和完整性等。
   • 如果用人单位能够提供完整的支付记录，包括支付时间、金额、收款人等信息，并且这些记录与税务和财务规定相符，那么通过支付宝支付工资就是合法的。

违法情形及风险

1. 未与劳动者协商一致：

   • 如果用人单位未经劳动者同意，单方面决定通过支付宝支付工资，这可能构成违法行为。因为工资支付方式属于劳动合同的重要内容之一，需要双方协商一致。
   • 在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照原约定的方式支付工资，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

2. 违反税务和财务规定：

   • 如果用人单位通过支付宝支付工资时，存在偷逃税款、虚假支付等违法行为，那么这种支付方式就是非法的。
   • 税务和财务部门有权对用人单位的支付行为进行监管和检查，一旦发现违法行为，将依法进行处罚。

3. 支付记录不完整或存在争议：

   • 如果用人单位通过支付宝支付工资时，支付记录不完整或存在争议，这可能导致劳动者在维权时面临困难。
   • 例如，如果支付记录丢失或被篡改，劳动者可能无法证明自己的工资收入情况，从而影响其维权效果。

建议与注意事项

• 明确约定：用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应明确约定工资支付方式、支付时间等关键条款，以避免后续争议。
• 保留证据：无论是用人单位还是劳动者，都应保留好与工资支付相关的证据，如支付记录、银行流水等，以备不时之需。
• 遵守法规：用人单位在支付工资时，应严格遵守税务和财务规定，确保支付过程的合法性和合规性。

如果有任何关于工资支付或其他劳动法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。