当互碰互赔的损失超过2000元时，通常的处理方式是双方保险公司先根据事故责任进行定损评估，超出2000元的部分先由双方自行承担，随后再向各自的保险公司申请理赔。以下是对此问题的详细分析：
一、处理流程
定损与理赔评估：
- 双方车辆的保险公司会根据事故责任进行定损和理赔评估。如果责任明确，各自保险公司会按照规定进行赔付。
超出部分的承担：
- 对于超出2000元的部分，双方需要先自行承担，然后向各自保险公司申请理赔。在申请理赔时，需提供相关的事故证明、维修发票等材料。
保险公司审核与赔付：
- 保险公司会对提交的材料进行审核，核实事故的真实性和损失情况。如果审核通过，保险公司将按照保险合同约定进行赔付。
异议处理：
- 如果双方对理赔结果有异议，可以通过协商或向保险监管部门投诉等方式解决。
二、具体操作建议
及时沟通：
- 在事故发生后，双方应及时与各自的保险公司沟通，了解理赔流程和所需材料。
准备材料：
- 准备齐全的事故证明、维修发票等相关材料，以便在申请理赔时能够顺利提交。
遵循保险合同：
- 在理赔过程中，应遵循保险合同的约定，确保理赔流程的合法性和有效性。
三、特殊情况处理
协商确定承担份额：
- 对于超出2000元的部分，双方可以协商确定各自承担的份额。如果协商无果，可以报警由交警认定事故责任。
依据责任认定理赔：
- 依据交警部门的事故责任认定，向自己的保险公司报案理赔。理赔时需提供事故责任认定书、定损单、维修发票等相关材料。
四、法律依据
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关保险法规，当发生交通事故时，保险公司应按照保险合同约定进行赔付。对于超出交强险赔偿限额的部分，应按照事故责任比例进行分担。
五、示例说明
假设两车发生碰撞事故，双方车辆损失均超过2000元。经交警认定，双方同责。那么，对于超出2000元的部分，双方可以协商各自承担50%的损失。随后，双方各自向自己的保险公司申请理赔，提供事故责任认定书、定损单、维修发票等材料。保险公司审核通过后，会按照保险合同约定进行赔付。
总结来说，当互碰互赔的损失超过2000元时，双方应按照上述流程处理，并及时与保险公司沟通，确保自身的合法权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。