互碰自赔情况下，若对方修车费用超过两千元，一般不可以再通过互碰自赔的方式处理，但可以通过其他合法途径进行追溯或索赔。以下是对此问题的详细分析：
一、互碰自赔的基本规则
互碰自赔是机动车交通事故快速处理的一种机制，主要适用于事故双方均有责任，且各方车辆损失均在交强险有责任财产损失赔偿限额（2000元）以内的情况。在这种情况下，各方车主可以直接向自己的保险公司申请赔偿，而无需向对方的保险公司索赔，从而简化了理赔流程。
二、超过两千元修车费用的处理
超出交强险财产损失赔偿限额：
- 当对方修车费用超过2000元时，这部分费用已经超出了交强险有责任财产损失赔偿限额。因此，互碰自赔的机制不再适用。
通过商业险或诉讼途径解决：
- 商业险索赔：如果事故双方或其中一方购买了商业车险（如车损险、第三者责任险等），则可以通过商业险向保险公司索赔超出交强险限额的部分。这需要按照保险合同的约定和保险公司的理赔流程进行操作。
- 诉讼途径：如果无法通过商业险获得全额赔偿，或者事故双方对责任划分、赔偿金额等存在争议，可以通过法律诉讼途径解决。在诉讼过程中，法院将根据事故责任划分、相关法律法规以及证据材料，判决各方应承担的赔偿责任和金额。
三、法律建议
及时报案并保留证据：
- 在发生交通事故后，应及时向交警部门和保险公司报案，并保留好相关证据（如事故现场照片、交警出具的事故责任认定书、修车发票等）。这些证据将在后续的理赔或诉讼过程中发挥重要作用。
了解保险条款和理赔流程：
- 在购买车险时，应仔细阅读保险条款，了解保险责任、赔偿限额以及理赔流程等关键信息。这将有助于在事故发生后迅速、准确地处理理赔事宜。
寻求专业法律帮助：
- 如果在处理交通事故理赔或诉讼过程中遇到复杂问题或争议，建议寻求专业律师的帮助。律师将能够提供专业的法律意见和代理服务，帮助您维护合法权益。
总结来说，互碰自赔机制仅适用于车辆损失在交强险有责任财产损失赔偿限额以内的情况。当对方修车费用超过2000元时，应通过商业险索赔或诉讼途径解决赔偿问题。在处理过程中，务必及时报案、保留证据，并了解保险条款和理赔流程。如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。