民间借贷合同有多处修改，不一定无效，是否有效需分情况判断：
双方协商一致修改且不违反法律强制性规定
若借贷双方对合同修改内容达成一致（如修改还款时间、利息标准等），且修改后的条款不违反法律强制性规定（如利率不超过法定上限、不存在“高利贷”“砍头息”等违法情形），则修改有效。
法律依据：《民法典》第543条：“当事人协商一致，可以变更合同。”
操作建议：修改处需双方签字或捺印确认，并注明修改日期，避免后续争议。
单方擅自修改或修改内容违法
若一方未经对方同意擅自修改合同（如仅一方在修改处签字），或修改内容违反法律强制性规定（如约定“逾期还款需支付高额违约金”超出法定范围），则修改无效。
法律依据：《民法典》第153条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。”
风险提示：单方修改可能被认定为“篡改合同”，若涉及金额较大，可能承担缔约过失责任或欺诈的法律后果。
修改形式不符合要求
若合同修改未采用书面形式（如口头约定修改），或修改处未双方签字确认，可能导致修改内容不被法院采信。
法律依据：《民法典》第469条：“当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。但法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式的，应当采用书面形式。”
实务建议：民间借贷合同建议采用书面形式，修改时同样需书面确认，并保留双方签字或盖章的原件。
总结：民间借贷合同多处修改是否有效，关键看是否满足“双方协商一致”“不违法”“形式合法”三个条件。若修改后存在争议，法院会结合修改内容、双方行为、交易习惯等综合判断。建议修改时明确标注修改处，双方签字确认，并保留证据。若有具体合同需要审核，可直接向我咨询。