针对您提出的“自然保护区违法占用林地怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

首先，需要明确的是，自然保护区内的林地属于受严格保护的生态资源，任何未经许可的占用行为都是违法的。对于违法占用林地的行为，我国法律有明确的处罚规定。

一、行政处罚

根据《中华人民共和国森林法》及其相关实施条例，对于非法占用林地的行为，县级以上人民政府林业主管部门有权进行处罚。处罚措施通常包括：

1. 责令停止违法行为：要求违法者立即停止对林地的非法占用和破坏行为。

2. 限期恢复原状：要求违法者在规定的时间内，将破坏的林地恢复到原有状态，包括植被的恢复和土壤的保护等。

3. 罚款：根据违法占用林地的面积和造成的破坏程度，对违法者处以相应的罚款。例如，在某些案例中，违法者因非法开垦林地被处以每平方米10元以下的罚款。

二、刑事立案标准

如果违法占用林地的行为达到了一定的严重程度，还可能构成刑事犯罪。根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》等相关法律法规，非法占用并毁坏林地的刑事立案标准主要包括：

1. 防护林地与特种用途林地：非法占用并毁坏防护林地或特种用途林地，数量分别或合计达到五亩以上。

2. 其他林地：非法占用并毁坏其他林地（如用材林、经济林等）的数量达到十亩以上。

3. 部分数量达标情况：若非法占用并毁坏的林地中，防护林地或特种用途林地的数量达到规定标准的百分之五十以上，或者其他林地的数量达到十亩标准的百分之五十，并且满足一定条件，也将被立案追诉。

三、法律后果

对于构成刑事犯罪的非法占用林地行为，违法者将面临严厉的法律后果。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法占用农用地罪可判处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

四、实际案例

以某实际案例为例，某村民在未办理征占用手续的情况下，擅自非法开垦林地，致使林地遭到毁坏。该行为违反了《中华人民共和国森林法》的相关规定，被依法责令停止违法行为、限期恢复原状，并被处以相应的罚款。

综上所述，对于自然保护区违法占用林地的行为，我国法律有明确的处罚规定和刑事立案标准。任何单位或个人都应严格遵守相关法律法规，保护宝贵的森林资源。如果您发现有人违法占用林地，请及时向当地林业主管部门或公安机关举报。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请务必寻求专业的法律人士或机构帮助。