原配是否可以直接起诉“小三”，以及少于5000元能否立案，需视具体情况判断。以下从不同法律角度进行分析：

一、刑事诉讼角度：重婚罪

1. 构成重婚罪的情况：

   • 如果“小三”的行为构成重婚罪，即有配偶又与他人结婚，或者明知他人有配偶而与之结婚，原配可以向法院提起刑事诉讼。
   • 在这种情况下，并没有具体的立案金额标准。只要有证据证明“小三”存在重婚行为，法院就可能立案。

2. 不构成重婚罪的情况：

   • 如果“小三”的行为只是一般的婚外情，不构成重婚罪，那么原配通常不能通过刑事诉讼来追究“小三”的责任。

二、民事诉讼角度：财产纠纷

1. 涉及财产数额的情况：

   • 如果原配以“小三”侵犯夫妻共同财产为由起诉，比如“小三”收受了出轨方用共同财产的大额馈赠，原配可以诉请返还。
   • 在这种情况下，法院是否立案会考虑财产数额。一般来说，财产数额达到一定标准，法院才会受理。但具体的标准因地区和案件情况而异，通常可能在数千元到数万元不等。对于少于5000元的情况，能否立案需结合当地法院的具体标准和案件情况来判断。如果当地法院认为该数额不足以构成诉讼标的，或者认为该纠纷更适合通过其他途径解决，可能会不予立案。

2. 不涉及财产数额或财产数额较少的情况：

   • 如果原配只是基于情感纠葛等起诉“小三”，没有明确的财产纠纷或财产数额较少，且没有构成重婚罪等其他犯罪行为，那么法院通常不会立案。因为这种情况下，缺乏明确的法律依据来支持原配的诉求。

三、法律建议与注意事项

1. 收集证据：

   • 无论选择刑事诉讼还是民事诉讼，原配都需要收集充分的证据来支持自己的诉求。比如证明“小三”与配偶存在不正当关系的聊天记录、照片、视频等，以及证明“小三”收受财产的凭证等。

2. 咨询专业律师：

   • 由于每个案件的具体情况都不同，原配在起诉前最好咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况，为原配提供合适的法律建议和诉讼策略。

3. 注意诉讼时效：

   • 原配在起诉时还需要注意诉讼时效的问题。如果超过了法律规定的诉讼时效期间，那么原配可能会丧失胜诉权。

总结来看，原配是否可以直接起诉“小三”以及少于5000元能否立案，需根据具体情况和法律规定来判断。如果有相关法律问题，可以直接向我咨询。