可以扣押正在违法建设的施工工具，但需遵循法定程序和条件。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律依据

根据《北京市城乡规划条例》第六十三条第一款的规定，执法机关在实施监督检查时，有权要求有关单位和个人提供相关资料、就有关情况作出说明、进入或者查封现场、扣押工具、责令停止违法行为。这一条款明确赋予了执法机关在违法建设情况下扣押施工工具的权力。

二、扣押条件与程序

1. 违法建设行为：

   • 扣押施工工具的前提是存在正在进行的违法建设行为。这通常指的是未经规划许可或违反规划许可要求进行的建设活动。

2. 执法机关的权限：

   • 只有具有相应执法权限的机关，如城市管理综合行政执法部门或相关规划部门，才有权实施扣押行为。

3. 法定程序：

   • 在实施扣押前，执法机关通常需要向行政机关负责人报告并经批准。在情况紧急，需要当场实施行政强制措施的，行政执法人员应当在二十四小时内向行政机关负责人报告，并补办批准手续。
   • 扣押决定应当以书面形式作出，并明确扣押的工具、材料及其理由。

三、扣押后的处理

1. 当事人配合：

   • 如果当事人立即停止建设并自行拆除或回填，执法机关可能会解除扣押，并返还施工工具。

2. 当事人拒不配合：

   • 如果当事人拒不停止建设或者拒不拆除、回填的，执法机关应当依法立即强制拆除、回填，并可能对扣押的施工工具进行进一步处理，如没收或拍卖等。

四、注意事项

1. 合法性审查：

   • 在实施扣押前，执法机关应当对违法建设行为进行合法性审查，确保扣押行为有充分的法律依据。

2. 比例原则：

   • 扣押施工工具应当遵循比例原则，即扣押的工具应当与违法建设行为直接相关，且扣押行为对当事人权益的影响应当与违法行为的严重性相称。

3. 当事人权益保护：

   • 在扣押过程中，执法机关应当保护当事人的合法权益，如提供扣押清单、告知救济途径等。

五、实际案例参考

以北京市通州区马驹桥镇为例，该镇人民政府作为实施主体，有权依照相关法律法规对违法建设工具进行扣押。在实际操作中，他们会遵循上述法定程序和条件，确保扣押行为的合法性和有效性。

建议：如果您发现正在进行的违法建设行为，并希望扣押相关施工工具，应当及时向具有执法权限的机关报告，并配合其进行调查和处理。同时，作为建设方或施工方，也应当严格遵守相关法律法规，避免进行违法建设活动。如果您在具体操作中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。