可以仅行使借款债权，不行使抵押权，但需注意抵押权可能因此不受保护的法律后果。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律角度

根据《民法典》第四百一十九条的规定：“抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。”这意味着，虽然您可以选择仅起诉债务人要求履行主债务，而不一并起诉要求实现抵押权，但如果您未在主债权的诉讼时效期间内行使抵押权，那么当您后续再试图行使时，人民法院将不予保护。

二、实践角度

1. 诉讼时效中断与重新计算：

   • 当您以主债务人为被告提起诉讼时，根据《民法典》的相关规定，诉讼时效会中断，并从判决生效之日起重新计算。然而，这种重新计算仅针对主债务的诉讼时效，并不自动延伸至抵押权的行使期限。
   • 如果您在重新计算的诉讼时效期间内未行使抵押权，那么抵押权将可能因超过行使期限而不再受法律保护。

2. 抵押权保护期间的认定：

   • 抵押权的保护期间主要体现为诉讼时效期间，但也可能包括申请执行期间、申报破产债权期间等。只要主债权仍受法律保护，抵押权原则上就应受到保护。但如果您未在主债权诉讼时效期间内行使抵押权，那么抵押权将可能失去法律保护。

三、风险与建议

1. 风险：

   • 如果您仅行使借款债权而不行使抵押权，且未在主债权的诉讼时效期间内行使抵押权，那么当债务人无法履行债务时，您可能无法通过实现抵押权来保障自己的债权。
   • 此外，如果债务人进入破产程序，您可能因未及时行使抵押权而无法在破产财产中优先受偿。

2. 建议：

   • 在起诉债务人要求履行主债务的同时，如果债权有抵押权设定，建议一并提起诉讼，要求抵押权优先受偿。这样可以确保您的债权得到全面的保障。
   • 如果您因故未能在起诉时一并行使抵押权，那么应在主债权的诉讼时效期间内尽快行使抵押权，以避免失去法律保护。

举例说明：假设A公司与B公司签订借款合同，B公司以自有房屋提供抵押担保并办理了抵押登记。借款合同到期后，B公司未依约履行还款义务。A公司可以选择仅起诉B公司要求还本付息，而不一并起诉要求实现抵押权。但如果A公司未在主债权的诉讼时效期间内行使抵押权，那么当B公司无法履行债务时，A公司可能无法通过实现抵押权来保障自己的债权。

综上所述，虽然您可以仅行使借款债权而不行使抵押权，但需注意抵押权可能因此不受保护的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。