正在执行中的案件，若申请后续费用，是否会合并执行，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合并执行的可能性及条件
同一法律关系下的后续费用：
- 若后续费用是基于同一法律关系（如同一合同纠纷、同一侵权行为）产生的，且该法律关系下的案件已在执行中，那么申请后续费用时，法院通常会考虑将其与原执行案件合并执行。这有助于提高执行效率，减少司法资源浪费。
- 法律依据：虽然具体法律条文可能未直接规定合并执行，但根据《中华人民共和国民事诉讼法》关于执行程序的规定，以及执行效率原则，法院有权根据实际情况决定是否合并执行。
不同法律关系下的后续费用：
- 若后续费用是基于不同法律关系产生的，即使与原执行案件有关联，法院也可能不会将其合并执行。因为不同法律关系下的权利义务关系、执行标的等可能存在差异，合并执行可能引发法律上的复杂性和不确定性。
- 处理方式：在这种情况下，申请人可能需要另行提起诉讼或申请执行，以维护自己的合法权益。
二、合并执行的程序及注意事项
申请程序：
- 若希望将后续费用与原执行案件合并执行，申请人应向执行法院提交书面申请，并附上相关证据材料，证明后续费用与原执行案件的关联性。
- 执行法院在收到申请后，会进行审查，并根据实际情况决定是否合并执行。
注意事项：
- 申请人应确保后续费用的申请合法、合理，且证据充分。否则，法院可能不予支持合并执行的申请。
- 在合并执行过程中，申请人应密切关注执行进展，及时与执行法院沟通，确保自己的合法权益得到保障。
三、不合并执行的情况及处理
不合并执行的情况：
- 如前所述，若后续费用是基于不同法律关系产生的，或者虽然基于同一法律关系但法院认为合并执行不适当（如执行标的差异过大、执行程序复杂等），法院可能不会将其与原执行案件合并执行。
处理方式：
- 在不合并执行的情况下，申请人可以另行提起诉讼或申请执行。在提起诉讼或申请执行时，申请人应确保自己的诉讼请求或执行申请明确、具体，且证据充分。
- 同时，申请人也可以考虑与被申请人进行协商，寻求和解或调解等非诉讼方式解决纠纷。
建议：若您正在面临此类问题，建议您及时与执行法院沟通，了解合并执行的具体条件和程序。同时，您也可以咨询专业律师（如我），以获取更具体的法律建议和帮助。