关于卫生行政处罚中个人没收违法所得超过1万但处罚几千是否算重大案件的问题，不能仅凭违法所得的数额和处罚金额来简单判定，而需结合具体案件情况、相关法律法规以及地方性规定进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律法规对“重大案件”的界定

1. 国家层面的一般规定：

   • 在卫生行政处罚领域，法律法规通常不会直接规定一个具体的数额标准来界定“重大案件”。而是会根据违法行为的性质、情节、社会危害程度以及违法所得的数额等多个因素来综合考量。

2. 地方性规定或部门规章：

   • 不同地区或不同部门可能会根据实际情况制定更为具体的规定，明确哪些情形属于“重大案件”。例如，某些地方可能规定，违法所得超过一定数额（如5万元）或处罚金额超过一定数额（如3万元）的案件，视为重大案件。但这一标准并非全国统一，而是因地区和部门而异。

二、案件具体情况的影响

1. 违法行为的性质：

   • 如果违法行为涉及公共卫生安全、严重危害人体健康等，即使违法所得和处罚金额不高，也可能被视为重大案件。

2. 违法行为的情节：

   • 违法行为的情节，如是否多次违法、是否抗拒执法等，也会影响对案件重大性的判断。

3. 社会危害程度：

   • 案件的社会危害程度是判断其是否重大的重要因素。如果违法行为对公众健康造成了严重威胁或损害，即使违法所得和处罚金额不高，也可能被视为重大案件。

三、实际操作中的建议

1. 查阅地方性规定：

   • 要准确判断一个卫生行政处罚案件是否属于重大案件，首先需要查阅当地的相关规定或部门规章，了解具体的界定标准。

2. 综合考量多个因素：

   • 在没有具体规定的情况下，应综合考量违法行为的性质、情节、社会危害程度以及违法所得的数额等多个因素来做出判断。

3. 咨询专业律师：

   • 如果对案件的重大性存在疑问或需要更深入的法律分析，建议咨询专业律师。律师可以根据具体案件情况提供专业的法律意见。

针对您提出的具体情况（个人没收违法所得超过1万但处罚几千），由于未提供具体的地区、违法行为性质、情节等信息，因此无法直接判断该案件是否属于重大案件。但一般来说，仅凭违法所得超过1万和处罚几千这两个因素，并不足以直接判定案件为重大案件。需要结合上述多个因素进行综合考量。

如有进一步疑问或需要针对具体案件的法律分析，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。