核心前提与问题重述：用户咨询的是农村房屋加盖二层未审批的情况下，离婚时法院如何分割该房产的问题。核心要点包括：农村房屋加盖二层的合法性认定、离婚财产分割原则、未审批建筑的处理方式。

结论前置：

1. 若加盖部分被认定为违法建筑：法院通常不会将其纳入合法财产范围进行分割，但可能根据实际贡献、婚姻期间投入等因素，酌情判决补偿。
   
2. 若加盖部分被认定为合法或可补办审批：法院会结合房屋整体价值、双方贡献、婚姻存续时间等因素，按比例分割或折价补偿。
   

详细分析

1. 农村房屋加盖二层的合法性认定

根据《城乡规划法》第六十五条，农村村民未经批准擅自加盖房屋，可能被认定为违法建筑。法院在离婚财产分割中，会先审查加盖部分是否取得合法审批手续：

• 未审批：加盖部分可能被排除在合法财产范围外，法院不会直接分割其所有权，但可能考虑婚姻期间双方的投入（如资金、劳务），判决一方对另一方进行适当补偿。
  
• 已审批或可补办：若加盖部分符合规划要求或能补办手续，法院会将其纳入房屋整体价值进行分割。
  

2. 离婚财产分割原则

根据《民法典》第一千零八十七条，离婚时夫妻共同财产应按“照顾子女、女方和无过错方权益”的原则分割。具体到农村房屋：

• 合法部分：若房屋主体（如一层）为婚前个人财产，加盖部分为婚后共同投入，则加盖部分的价值可能按共同财产分割。
  
• 共同投入认定：法院会审查加盖资金的来源（如夫妻共同积蓄、借款）、劳务投入（如一方参与施工）等，综合判断双方贡献比例。
  

3. 未审批建筑的处理方式

即使加盖部分未审批，法院也可能考虑以下因素：

• 实际使用价值：若加盖部分已实际居住或出租，法院可能参考其市场价值，判决一方获得使用权并补偿另一方。
  
• 过错责任：若一方擅自加盖导致违法，可能被认定存在过错，减少其分割比例。
  

建议与风险提示

1. 补办审批手续：若加盖部分符合规划，建议尽快补办审批，避免被认定为违法建筑。
   
2. 保留证据：保存加盖期间的资金往来记录、劳务投入证明（如施工合同、证人证言），以证明双方贡献。
   
3. 协商优先：离婚时可通过协商确定加盖部分的价值及补偿方式，减少诉讼成本。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细解答。