电瓶车闯红灯辅警拍照取证是合法的。

在我国，辅警作为警务辅助人员，在警察的指挥和监督下，可以协助进行执法活动。对于交通违章行为，如电瓶车闯红灯，辅警有权进行拍照取证，这是他们协助交通警察执行职务的一部分。拍照取证是为了记录违章行为，为后续的法律程序提供证据支持。

具体来说，辅警在拍照取证时，通常会遵循一定的程序和标准，以确保取证的合法性和有效性。他们会在违章行为发生时，及时、准确地拍摄相关照片，并记录下违章行为的时间、地点、车辆信息等重要细节。这些照片和记录将作为后续处理违章行为的依据。

因此，如果你在驾驶电瓶车时闯了红灯，并发现辅警在拍照取证，请务必配合他们的工作，不要试图逃避或阻挠。同时，你也应该意识到自己的违章行为，并主动接受相应的法律处罚。如果你对处罚有异议，可以通过合法的途径进行申诉或复议。