在道路运输审批过程中，如果发现违法线索，应该按照以下步骤进行处理：

首先，要明确识别并记录违法线索。这包括违法行为的具体时间、地点、涉及的对象、主要事由以及任何相关的证据或资料。确保所有信息的准确性和完整性，以便后续的调查和处理。

其次，根据违法线索的性质和严重程度，及时向上级部门或相关执法机构进行报告。这通常涉及将线索提交给具有执法权限的部门，如交通运输管理部门或公安机关交通管理部门。在报告时，应详细阐述违法情况，并提供所有收集到的证据和资料。

接下来，相关执法机构将展开调查。他们可能会进行现场勘查、询问涉事人员、查阅相关文件和记录等，以核实违法线索的真实性，并进一步收集证据。在这个过程中，应积极配合执法机构的调查工作，提供必要的协助和信息。

一旦调查确认存在违法行为，执法机构将依法进行处理。这可能包括给予行政处罚、责令整改、吊销相关许可证件等。同时，如果违法行为涉嫌犯罪，还可能依法移送司法机关处理。

此外，对于发现的违法线索和处理结果，应及时进行记录和归档。这有助于后续跟踪和评估处理效果，并为类似情况的处理提供参考。

最后，值得注意的是，在处理违法线索时，应严格遵守法律法规和程序规定，确保处理的公正性和合法性。同时，也要注重保护涉事人员的合法权益，避免不当处理引发的纠纷和争议。

总之，道路运输审批中发现违法线索时，应迅速、准确地记录并报告，积极配合执法机构的调查工作，并依法进行处理。这样才能有效维护道路运输市场的秩序和安全，保障各方当事人的合法权益。