工程做司法鉴定，鉴定费用一般由申请方先行垫付，最终承担方需根据鉴定结果及责任划分来确定，且司法鉴定是客观中立的，不会偏向任何一方。以下是对此问题的详细分析：
一、鉴定费用的承担
申请方先行垫付：
- 在工程纠纷中，当需要司法鉴定来确定工程质量、造价、工期等关键问题时，通常由提出鉴定申请的一方先行垫付鉴定费用。这是为了确保鉴定程序的顺利进行，避免因费用问题而延误鉴定。
最终承担方根据责任划分确定：
- 鉴定费用最终由谁承担，往往取决于鉴定结果以及双方在工程纠纷中的责任划分。如果鉴定结果显示某一方存在过错或违约行为，且该行为与鉴定事项直接相关，那么该方可能需要承担全部或部分鉴定费用。
- 如果双方均有过错或责任难以划分，法院可能会根据具体情况判决双方分担鉴定费用。
二、司法鉴定的中立性
客观中立原则：
- 司法鉴定机构及其鉴定人员在进行鉴定时，必须遵循客观中立的原则。他们不受任何一方的影响或干扰，只根据事实和法律进行鉴定。
- 鉴定结果应当真实、准确、可靠，能够反映工程的实际情况。因此，司法鉴定不会偏向任何一方，而是基于事实和法律作出公正的判断。
避免利益冲突：
- 司法鉴定机构及其鉴定人员应当避免与任何一方存在利益冲突。如果鉴定人员与某一方存在利害关系或其他可能影响公正鉴定的情形，应当主动回避。
- 同时，司法鉴定机构也应当建立健全内部管理制度，确保鉴定过程的公正性和透明度。
三、实际操作中的建议
明确鉴定申请与费用承担：
- 在提出鉴定申请时，双方应当明确鉴定费用的承担方式。可以在合同中约定鉴定费用的承担条款，或者在纠纷发生后通过协商确定。
- 如果双方无法就鉴定费用达成一致意见，可以请求法院或仲裁机构进行裁决。
选择正规的司法鉴定机构：
- 为了确保鉴定结果的公正性和准确性，双方应当选择具有合法资质和良好信誉的司法鉴定机构进行鉴定。
- 在选择鉴定机构时，可以考察其资质证书、鉴定人员资格、鉴定经验等方面的情况。
积极参与鉴定过程：
- 双方应当积极参与鉴定过程，提供必要的资料和证据，配合鉴定人员进行现场勘查和检测等工作。
- 同时，双方也有权对鉴定过程进行监督，确保鉴定程序的合法性和公正性。