在非法经营案件中，归还赃款时，司法机关通常会查流水。以下是对这一问题的详细分析：

一、查流水的目的与依据

在非法经营案件中，查流水的主要目的是为了确认犯罪嫌疑人的资金往来情况，包括非法所得的来源、去向以及金额等。这是为了全面、准确地认定犯罪事实，确保案件的公正处理。依据我国相关法律规定，司法机关在侦查、起诉和审判过程中，有权依法调取、审查犯罪嫌疑人的银行流水等财务记录。

二、查流水的具体流程

1. 申请与审批：司法机关（如公安局、检察院或法院）会根据案件需要，向相关银行提出调取流水的申请，并经过内部审批程序。
2. 银行配合：银行在收到司法机关的调取申请后，会依法配合提供犯罪嫌疑人的银行流水记录。
3. 审查与分析：司法机关会对调取到的银行流水进行详细审查和分析，以确认资金往来是否与非法经营行为有关。

三、查流水对案件处理的影响

1. 证据收集：银行流水是证明犯罪嫌疑人非法经营行为的重要证据之一。通过查流水，司法机关可以获取犯罪嫌疑人资金往来的直接证据，为案件的定罪量刑提供有力支持。
2. 赃款追缴：在确认非法所得后，司法机关会依法追缴赃款。查流水有助于确定赃款的金额和去向，从而确保赃款的全面追缴。
3. 量刑考虑：在量刑时，法院会考虑犯罪嫌疑人的犯罪情节、非法所得的金额以及退赃情况等因素。查流水有助于法院全面了解犯罪嫌疑人的犯罪情况，从而作出公正的量刑决定。

四、特殊情况下的处理

1. 隐私保护：虽然司法机关有权查流水，但也会依法保护犯罪嫌疑人的隐私权。在调取和使用银行流水时，司法机关会严格遵守相关法律法规，确保犯罪嫌疑人的个人信息不被泄露。
2. 合法来源的证明：如果犯罪嫌疑人能够证明其资金往来是合法的，如提供合法的收入证明、交易合同等，司法机关在审查时会予以考虑，并可能不将其视为非法所得。

五、法律建议

1. 积极配合：如果涉及非法经营案件，建议犯罪嫌疑人积极配合司法机关的调查工作，包括提供银行流水等财务记录。这有助于加快案件的处理进程，并可能对量刑产生积极影响。
2. 咨询专业律师：在处理非法经营案件时，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。律师可以根据案件的具体情况，为犯罪嫌疑人提供有针对性的法律帮助。

如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。