申请仲裁时，一般不能将合同双方以外的公司作为被申请人。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、仲裁被申请人的基本原则
在仲裁程序中，被申请人的确定通常遵循合同相对性原则。即，仲裁协议或合同中的争议解决条款通常只约束合同双方当事人。因此，在一般情况下，只有合同中的甲方和乙方才能作为仲裁的被申请人。
二、合同双方以外公司作为被申请人的例外情况
尽管合同相对性原则是仲裁被申请人确定的基本原则，但也存在一些例外情况，使得合同双方以外的公司可能成为仲裁的被申请人。这些例外情况主要包括：
第三方受益人：
- 如果合同中明确约定了第三方受益人的权利，且该第三方受益人实际参与了合同的履行或享受了合同带来的利益，那么在某些情况下，该第三方受益人可能被视为仲裁协议的一方，从而成为仲裁的被申请人。但这种情况较为罕见，且需要具体的合同条款和事实支持。
合同转让或承继：
- 如果合同中的一方将其在合同中的权利和义务全部或部分转让给第三方，且该转让得到了另一方的同意或符合合同中的转让条款，那么受让方可能成为新的合同方，从而在仲裁中被列为被申请人。但同样，这需要具体的合同条款和事实支持。
法律规定的特殊情形：
- 在某些特定情况下，法律可能规定合同双方以外的公司需要承担某种责任或义务。例如，在担保合同中，担保人虽然不是合同的主要当事人，但根据法律规定，其可能需要承担担保责任。在这种情况下，如果担保人与仲裁争议有关，且符合仲裁协议的范围，那么担保人可能被列为仲裁的被申请人。但这种情况需要具体的法律规定和事实支持。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：
- 在申请仲裁前，应仔细审查合同条款，特别是关于争议解决和被申请人的约定。如果合同中明确排除了第三方作为被申请人的可能性，那么应尊重合同约定。
咨询专业律师：
- 如果对合同条款或仲裁被申请人的确定存在疑问，建议咨询专业律师。律师可以根据具体的合同条款、事实和法律规定，提供准确的法律意见和建议。
考虑其他争议解决方式：
- 如果无法将合同双方以外的公司作为仲裁的被申请人，但认为该公司与争议有关，可以考虑通过其他争议解决方式（如诉讼）来维护自己的权益。
四、法律后果
如果错误地将合同双方以外的公司作为仲裁的被申请人，可能会导致仲裁程序无效或被撤销。此外，还可能引发不必要的法律纠纷和诉讼成本。因此，在申请仲裁时，应谨慎确定被申请人，并确保其符合仲裁协议和法律规定的范围。
如有任何关于仲裁或合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。我将根据具体的合同条款、事实和法律规定，提供准确的法律意见和建议。