违规改装电动自行车的修理店，将由市场监督管理部门或公安机关交通管理部门依据相关法规进行处罚，具体处罚措施包括罚款、没收违法所得，情节严重的还可能被吊销营业执照。
一. 法律依据与处罚措施
市场监督管理部门的处罚：
- 根据《东莞市电动自行车管理条例》，销售拼装、非法改装和加装的电动自行车的，由市场监督管理部门处销售产品（包括已售出和未售出的产品）货值金额等值以上三倍以下罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，依法吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
公安机关交通管理部门的处罚：
- 以《浙江省电动自行车管理条例》为例，电动自行车销售者、维修者改装、拼装、加装已登记电动自行车，由公安机关交通管理部门责令改正，没收违法所得，并处五千元以上五万元以下罚款。
二. 违规改装行为的界定
违规改装电动自行车通常包括但不限于以下几种行为：
- 改装或者改动电动机，使其超过原车出厂设置的额定功率；
- 改动或者拆除限速装置、脚踏骑行设备；
- 拆除或改动车速提示音装置；
- 加装动力电池，或者更换不符合原车出厂设置额定电压的动力电池；
- 加装后视镜、后座、伞架、车篷等；
- 擅自喷涂、安装、使用特种车辆专用或者与其相类似的标志图案、警报器、标志灯具。
三. 实际案例
- 例如，在某案例中，修理店因非法改装电动自行车（如加装后视镜、后座等）被市场监督管理部门查处，并受到了相应的罚款处罚。这不仅体现了法律对违规改装行为的严厉打击，也警示了其他修理店不要触碰法律红线。
我建议：修理店应严格遵守相关法律法规，不得进行任何形式的非法改装行为。同时，车主也应提高警惕，避免购买或委托修理店进行非法改装，以确保自身和他人的安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。