运输企业不让过行车证，公安机关交通管理部门有权进行管理和处罚。

一. 法律依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条：“上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚”。由此可知，运输企业若不让过行车证，即属于未随车携带行驶证的情况，公安机关交通管理部门有权进行扣留机动车，并通知当事人提供相应的证件或补办相应手续，同时可依法进行处罚。

二. 管理手段

1. 扣留机动车：公安机关交通管理部门在发现运输企业车辆未随车携带行车证时，有权扣留该机动车，以确保道路交通安全。
2. 通知补办手续：在扣留机动车后，公安机关交通管理部门会通知运输企业尽快提供行车证或补办相应手续，以恢复车辆的正常行驶。
3. 依法处罚：根据道路交通安全法的相关规定，对于未随车携带行车证的行为，公安机关交通管理部门可以依法对运输企业进行处罚，如罚款等。

三. 实际案例

• 例如，某运输企业的货车在行驶过程中被公安机关交通管理部门查获未随车携带行车证。公安机关交通管理部门随即扣留了该货车，并通知运输企业尽快提供行车证。在运输企业提供行车证并补办相应手续后，公安机关交通管理部门才允许该货车继续行驶，并依法对运输企业进行了处罚。

综上所述，运输企业不让过行车证是违反道路交通安全法的行为，公安机关交通管理部门有权进行管理和处罚。我建议运输企业应严格遵守相关法律法规，确保车辆随车携带行车证等必要证件，以避免不必要的法律风险和损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。