用人单位在劳动者入职后三个月才签订书面劳动合同是违法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条的规定，建立劳动关系时，应当订立书面劳动合同。若已建立劳动关系但未同时订立书面劳动合同，则应当自用工之日起一个月内完成签订。这意味着，用人单位在劳动者入职后一个月内必须与其签订书面劳动合同，否则就违反了法律规定。

进一步地，根据该法第八十二条，若用人单位自用工之日起超过一个月但不满一年未与劳动者签订书面劳动合同，需向劳动者每月支付二倍的工资作为赔偿。这一规定从第二个月开始执行，最长支付期限不超过11个月。因此，用人单位在劳动者入职后三个月才签订合同，将面临支付双倍工资的法律责任。

劳动者权益保护角度

对于劳动者而言，及时签订书面劳动合同是保障自身权益的重要手段。书面劳动合同可以明确双方的权利和义务，避免在劳动关系存续期间出现纠纷时无法提供有效证据。因此，劳动者有权要求用人单位在入职后一个月内与其签订书面劳动合同。

如果用人单位未按时签订合同，劳动者可以采取以下措施维护自身权益：

1. 与用人单位协商：要求尽快签订合同，并明确未及时签订的责任和补偿。
2. 向劳动监察部门投诉：由劳动监察部门责令用人单位改正，并可能对其进行处罚。
3. 申请劳动仲裁：要求用人单位支付未签订合同期间的双倍工资等赔偿。

特殊情况说明

虽然一般情况下用人单位在劳动者入职后三个月才签订合同是违法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果是劳动者故意或不愿意与用人单位签订书面劳动合同，用人单位应及时书面通知劳动者终止劳动关系，以避免可能的法律风险。否则，即使劳动者不愿签订，用人单位仍可能面临支付双倍工资的风险。

总结与建议

综上所述，用人单位在劳动者入职后三个月内未与其签订书面劳动合同是违法的，并需承担相应的法律责任。为避免此类情况发生，建议用人单位在劳动者入职时即与其签订书面劳动合同，确保双方权益得到明确保障。同时，劳动者也应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自身利益。

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