结论是：在债务债权（民间借贷）案件中，如果判决了三年利息但本金一直未还清且已超过三年，利息是否继续计算取决于借款合同中的约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、借款合同中的约定
利息计算方式：
- 如果借款合同中明确约定了利息的计算方式，包括利率、计息周期等，并且没有约定在特定情况下（如本金未还清）停止计算利息，那么即使本金未还清且已超过判决的三年期限，利息仍可能按照合同约定的方式继续计算。
还款期限与利息：
- 借款合同中可能规定了还款期限，以及在还款期限内和还款期限外的利息计算方式。如果合同中明确规定在还款期限外仍需支付利息，那么即使超过三年，利息也可能继续计算。
二、相关法律法规的规定
《民法典》关于借款合同的规定：
- 根据《民法典》的相关规定，借款合同的借款人应当按照约定的期限返还借款并支付利息。如果借款人未按照约定的期限返还借款，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。这意味着，如果合同中有约定，或者国家有相关规定，即使超过三年，借款人仍需支付逾期利息。
诉讼时效与利息计算：
- 诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的权利。在债务债权案件中，如果债权人未在诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁，可能会丧失胜诉权。但诉讼时效的经过并不影响利息的继续计算，除非合同中有特别约定或法律有特别规定。
三、实际操作中的考虑
与借款人协商：
- 在实际操作中，如果本金一直未还清且已超过三年，债权人可以尝试与借款人协商，看是否可以达成新的还款协议，包括利息的计算方式和还款期限等。
法律途径：
- 如果协商无果，债权人可以通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据借款合同的约定以及相关法律法规的规定来判决利息是否继续计算。
四、特殊情况
- 如果借款合同中明确约定了利息的计算期限，并且该期限已经届满：那么在这种情况下，即使本金未还清，利息也可能不再继续计算。但这种情况比较少见，因为通常借款合同中不会明确约定利息的计算期限与本金还款期限完全脱钩。
建议：
- 债权人应仔细审查借款合同中的约定，了解利息的计算方式和还款期限等关键条款。
- 如果本金一直未还清且已超过三年，债权人应及时与借款人协商或采取法律途径来维护自己的权益。
- 在任何情况下，都应保留好相关证据，如借款合同、还款记录等，以便在需要时提供证明。
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