违法所得在计算时是否应扣除税款，需结合具体法律场景判断，核心法律依据如下：

1. 刑事领域：违法所得一般不扣除税款

根据《刑法》第六十四条及司法解释，违法所得是指通过违法行为获得的全部收入，包括货币、实物及财产性利益，计算时通常不扣除成本或税款。例如：

• 走私案件：违法所得为走私货物销售后的全部收入，即使已缴纳部分税款，仍以实际收入计算，不扣除已缴税款；
• 诈骗案件：违法所得为诈骗金额，无论是否用于纳税，均以全额追缴。

例外情形：若税款本身是违法行为的组成部分（如虚开发票骗取退税），则税款可能被认定为违法所得的一部分，需全额追缴。

2. 行政处罚领域：可能扣除合法税款

在行政处罚中，部分法律明确规定违法所得为扣除合法成本后的净收益，但税款是否扣除需具体分析：

• 《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》：明确违法所得为“销售收入减去直接成本”，但未直接提及税款。实践中，若税款属于合法支出（如企业正常纳税），可能被允许扣除；
• 《税收征收管理法》：若违法行为涉及偷逃税，则违法所得为偷逃税款本身，需全额追缴，不扣除已缴部分。

典型案例：某企业通过虚假宣传销售商品，行政机关可能以“销售收入-合法进货成本”计算违法所得，但若企业已就虚假宣传收入纳税，税款可能不被扣除。

3. 民事赔偿领域：以实际损失为准

在民事侵权或合同纠纷中，赔偿金额通常以实际损失为基准，税款是否扣除需结合具体案情：

• 侵权赔偿：若违法所得导致他人损失，赔偿范围为实际损失，税款可能作为成本被扣除（如侵权产品利润中已含税款）；
• 合同纠纷：若合同无效或被撤销，返还财产时可能扣除已缴税款（如房屋买卖合同无效，返还房款时可能扣除卖方已缴的增值税）。

4. 税务处理：违法所得与税款的特殊关系

若违法行为涉及税务问题（如偷逃税），需区分违法所得与应纳税款：

• 违法所得：通过违法行为获得的额外收益（如虚开发票骗取的退税款），需全额追缴；
• 应纳税款：若违法行为导致少缴税款，税务机关可单独追缴税款及滞纳金，与违法所得追缴并行不悖。

总结建议：违法所得是否扣除税款，需根据法律领域（刑事/行政/民事）、违法行为性质及具体法律规定综合判断。若涉及具体案件，建议提供详细案情，以便进一步分析。