结论：农村自建房做出租药房，货车经常在邻居门口巷道装卸货是否合法，需结合巷道权属、是否违反规划及管理规定、是否侵犯相邻权等多方面因素综合判断。以下为具体分析：

1. 巷道权属问题

   • 若巷道属于公共道路或集体所有，货车装卸货需遵守公共道路管理规定。根据《公路安全保护条例》，在公路上装卸货物需经相关部门批准，且不得妨碍交通。若巷道虽非主要公路，但属于集体所有或供公众通行，货车长期占用可能违反相关规定，影响其他村民正常通行。
   • 若巷道属于邻居私人所有或享有专属使用权，货车未经允许在其门口装卸货，可能构成对邻居物权的侵犯。根据《民法典》物权编，物权人对其不动产享有占有、使用、收益和处分的权利，他人不得干涉。

2. 规划及管理规定

   • 农村自建房作为出租药房使用，需符合当地土地利用规划和城乡建设规划。若药房建设或使用违反规划，如未取得合法建设手续或超出批准范围，可能面临行政处罚，且货车装卸货行为可能因药房非法性而连带受影响。
   • 当地若对农村商业活动有特定管理规定，如限制货车通行时间、路线或装卸货地点，货车违反规定装卸货，将构成违规行为，可能受到行政处罚。

3. 相邻权问题

   • 根据《民法典》相邻关系条款，不动产权利人应遵循有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。货车频繁在邻居门口装卸货，若产生噪音、污染或妨碍邻居正常生活，可能侵犯邻居的相邻权，邻居有权要求停止侵害、排除妨碍。

建议：

• 药房经营者应首先确认巷道权属，若为公共或集体所有，需遵守相关管理规定；若为邻居私人所有，应事先征得同意。
• 检查药房建设及使用是否符合当地规划及管理规定，确保合法经营。
• 与邻居协商，制定合理的装卸货时间、路线及方式，减少对邻居生活的影响，维护良好的相邻关系。
• 若发生纠纷，可寻求村委会、乡镇政府或司法所等基层组织的调解，或依法向人民法院提起诉讼，解决相邻权争议。