公司收到员工赔偿款时，在财务及法律文件上的备注应清晰、准确，以反映款项的真实性质和来源，避免后续产生纠纷或误解。具体备注方式可参考以下建议：

1. 明确款项性质：在备注中直接指明该款项为“员工赔偿款”，例如：“员工XXX赔偿款”或“员工赔偿金（具体事由）”。这样的备注能直接反映款项的来源和性质，有助于公司财务和法务部门进行后续管理和跟踪。

2. 注明赔偿事由：如果可能，应在备注中简要说明赔偿的具体事由，如“因工作失误导致的损失赔偿”或“违反公司规定的罚款赔偿”。这有助于在需要时快速回顾和确认赔偿的背景和依据。

3. 关联相关文件或合同：如果赔偿款与特定的合同、协议或内部规章制度相关联，可以在备注中提及这些文件的名称或编号，如“依据《员工手册》第X条之赔偿”或“合同编号XXX下的违约赔偿”。这样的备注有助于在需要时快速找到相关的法律依据或合同条款。

4. 保持一致性：无论是在财务记录、银行转账备注还是其他相关文件中，都应保持备注的一致性。这有助于确保所有相关方对款项的性质和来源有共同的理解，减少误解和纠纷的可能性。

5. 遵守法律法规和内部规定：在备注时，应确保遵守相关的法律法规和公司内部规定。例如，某些地区可能要求特定的赔偿款项需要经过特定的审批流程或报告给相关监管机构。在这种情况下，备注中应反映这些要求，以确保合规性。