结论：高速公路收费站查检疫票是否合法需分情况讨论，具体取决于检疫票的性质及查验的法律依据。以下从不同角度展开分析：

1. 若检疫票属于法定检疫证明（如动物检疫合格证明、植物检疫证书等），且查验行为有明确法律依据，则合法

• 法律依据：根据《中华人民共和国动物防疫法》《植物检疫条例》等法律法规，动物、植物及其产品跨区域运输时，需随附检疫证明。交通、农业等部门在高速公路收费站等关键节点查验检疫票，属于依法履行监管职责。
• 典型场景：运输生猪、活禽、种子苗木等需检疫的货物时，若收费站工作人员出示执法证件并依据上述法律查验检疫票，属于合法行为。
• 例外情形：若查验人员无法出示执法证件，或查验范围超出法律授权（如要求查验非检疫类票据），则可能涉嫌违法。

2. 若检疫票属于非法定证明（如企业内部检疫单、无明确法律要求的“检疫票”），则查验行为可能缺乏法律依据

• 法律边界：高速公路收费站的主要职能是收费及维护交通秩序，除非有法律明确授权，否则无权查验非法定检疫证明。例如，若收费站要求查验普通货物的“内部检疫单”，且该单据无法律效力，则查验行为可能越权。
• 风险提示：若查验行为导致货物滞留、延误运输，且无法律依据，运输方可能通过行政复议或诉讼主张权利。

3. 查验程序需合法，否则可能构成程序违法

• 程序要求：即使查验检疫票有法律依据，执法人员也需遵守法定程序，如出示执法证件、说明查验理由、不得扣押与检疫无关的物品等。若程序违法（如未出示证件、强行扣押货物），则查验行为可能被认定无效。
• 救济途径：若认为查验行为违法，可要求执法人员出示法律依据及证件，并保留证据（如录音、录像），后续通过行政复议或行政诉讼维权。

建议：

• 运输方需确认检疫票是否属于法定证明，并核实查验人员的执法权限；
  
• 若对查验行为有异议，可当场要求执法人员说明法律依据，并保留相关证据；
  
• 如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询，我将结合具体情形提供法律意见。