结论：车辆即使已抵押，法院在特定情况下仍有权对其进行扣押，但会依法保障抵押权人的优先受偿权。
一、法院扣押已抵押车辆的法律依据与情形
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行案件等司法活动中，有权对被执行人的财产采取查封、扣押等强制执行措施，以确保判决的顺利执行和维护司法权威。
- 《中华人民共和国民法典》虽然规定了抵押权人的优先受偿权，但并未排除法院对抵押财产的扣押权。相反，它明确了抵押权人在抵押财产处置变现时的优先受偿地位，但这并不妨碍法院基于司法权力对抵押财产进行扣押等处置行为。
扣押情形：
- 当车辆所有人（即被执行人）涉及债务纠纷、民事赔偿等案件，且未履行法院判决时，为防止其转移财产逃避执行，法院有权对该车辆实施扣押。
- 若车辆虽已全额抵押，但被执行人除该车辆外无其他可供执行财产，且债权人认为车辆价值足以清偿债务并申请扣押，法院经审查符合规定后，也有权依法扣押。
二、扣押过程中抵押权人的权益保障
优先受偿权：
- 在车辆被依法扣押后，若进行拍卖或变卖，所得价款应首先用于清偿抵押权人所享有的合法债权。这是法律对抵押权人权益的重要保障。
- 抵押权人应在法院采取强制执行措施时，及时向法院说明其对被查封、扣押的车辆已设定的担保方式（如抵押权），并提供相应证据供法院审查，以提出依法以该财产价款优先受偿的请求。
通知义务：
- 法院在扣押车辆后，应及时通知相关当事人，包括车辆所有人和抵押权人，告知其权利和义务。这有助于保障各方当事人的知情权，并促进纠纷的妥善解决。
三、实际案例与操作建议
实际案例：
- 假设小张将自己的车辆全额抵押给了银行以获取贷款。后来，小张因其他债务纠纷被债权人起诉至法院，且未履行法院判决。债权人认为小张除已抵押的车辆外无其他可供执行财产，且该车辆价值足以清偿债务，便向法院申请财产保全扣押此车。在此情况下，法院经审查符合规定后，有权依法扣押该车辆。但在后续处置过程中，法院会依法保障银行的优先受偿权。
操作建议：
- 对于抵押权人而言，在车辆被扣押后，应积极与法院沟通，提供必要的证据材料，以维护自己的优先受偿权。
- 对于车辆所有人而言，若面临车辆被扣押的情况，应咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并积极配合法院的执行工作。同时，也可以考虑通过协商、调解等方式解决债务纠纷，以避免车辆被扣押带来的不便和损失。
总结：车辆即使已抵押，法院在特定情况下仍有权对其进行扣押。但扣押过程中会依法保障抵押权人的优先受偿权。若您面临此类问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。