在亲子鉴定中，若男方不承认鉴定结果，法院会根据具体情况进行综合判断并作出裁决。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法院对亲子鉴定结果的认定原则

1. 合法性与真实性：法院首先会审查亲子鉴定报告的合法性和真实性。这包括鉴定机构是否具备合法资质、鉴定过程是否符合法定程序、鉴定样本是否真实可靠等。若鉴定报告存在合法性或真实性问题，法院可能不予采信。

2. 证据效力：亲子鉴定报告作为证据，其效力取决于其能否与其他证据相互印证，形成完整的证据链。若鉴定报告与其他证据（如双方当事人的陈述、证人证言、其他物证等）相矛盾，法院会综合考量，判断其证明力。

二、男方不承认鉴定结果时的法院裁决

1. 若鉴定报告合法有效：

   • 男方无相反证据：若男方无法提供相反证据推翻鉴定报告，法院通常会依据鉴定报告认定亲子关系。在此情况下，男方不承认鉴定结果不会影响法院的裁决。
   • 男方提供初步相反证据：若男方提供了初步相反证据（如提出鉴定样本可能被污染、鉴定机构存在违规操作等），法院可能会要求重新进行亲子鉴定，或委托其他有资质的鉴定机构进行复核鉴定。

2. 若鉴定报告存在合法性或真实性问题：

   • 法院不予采信：若鉴定报告存在合法性或真实性问题，法院可能不予采信，并要求双方重新提供合法有效的证据。在此情况下，男方不承认鉴定结果可能会成为法院重新审查证据的理由之一。
   • 要求重新鉴定：若法院认为有必要，可能会要求双方重新进行亲子鉴定，以确保鉴定结果的准确性和公正性。

三、法律建议与后续行动

1. 保留证据：无论男方是否承认鉴定结果，双方都应保留好相关证据，包括鉴定报告、双方当事人的陈述、证人证言等。这些证据将在法院审理过程中发挥重要作用。

2. 积极应诉：若男方不承认鉴定结果并提起诉讼，另一方应积极应诉，提供合法有效的证据支持自己的主张。同时，也可以考虑委托专业律师协助处理诉讼事宜。

3. 尊重法院裁决：无论法院最终作出何种裁决，双方都应尊重并执行。若对裁决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。

四、可能的法律后果

1. 若法院认定亲子关系：男方可能需要承担相应的法律责任，如支付抚养费、继承遗产等。

2. 若法院未认定亲子关系：则男方无需承担与亲子关系相关的法律责任。但在此情况下，若男方存在过错（如故意提供虚假样本导致鉴定错误），可能需要承担相应的法律责任。