针对您提出的“明知项目经理有在建工程还继续投标怎么惩罚”的问题，以下是我根据相关法律法规及实际案例给出的详细解答：

首先，需要明确的是，如果一家公司在明知其拟派的项目经理正在其他在建工程中担任项目经理的情况下，仍然参与投标并承诺该项目经理无在建工程，这种行为属于弄虚作假骗取中标，是严重违反《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例的。

具体来说，根据《中华人民共和国招标投标法》第三十三条和《中华人民共和国招标投标法实施条例》第四十二条第二款的规定，投标人不得以他人名义投标或者以其他方式弄虚作假，骗取中标。一旦发现此类行为，招标人有权向相关部门举报，并由相关部门进行调查核实。

在调查核实后，如果确认投标人存在弄虚作假骗取中标的行为，相关部门将依据《中华人民共和国招标投标法》第五十四条的规定进行处罚。该条款明确规定，投标人以他人名义投标或者以其他方式弄虚作假，骗取中标的，中标无效，给招标人造成损失的，依法承担赔偿责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。同时，对单位处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。

以您提供的案例为例，某公司在参与济源某产业园项目投标时，承诺参与投标的项目经理没有在其他在建项目担任项目经理，但开标后被举报并查实该项目经理仍在其他在建工程担任项目经理。最终，该公司被处以中标项目合同金额千分之五的罚款，即101236.22元；同时，该公司主管人员朱某和直接责任人秦某也分别被处以单位罚款数额百分之五的罚款，即5061.81元。

因此，对于明知项目经理有在建工程还继续投标的行为，相关部门将依法进行严厉处罚，包括罚款、中标无效以及可能的刑事责任追究。建议各投标人在参与投标时，务必严格遵守相关法律法规，确保投标行为的合法性和真实性。