将厨房管道改到卫生间，且卫生间位置设置在下层住户厨房上方，是不合法的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际案例：
一、法律依据与制约因素
建筑法律法规：
- 根据《建设工程质量管理条例》，擅自改变房屋主体结构和承重结构，包括改动排水管道等，均属违法行为，可能危及建筑整体安全。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“厨房管道改到卫生间”，但改动管道往往涉及房屋结构的改变，需谨慎对待。
- 依据《中华人民共和国城乡规划法》，房屋用途和布局需经规划审批，未经许可擅自改变建筑物使用功能，规划部门有权责令改正或限期拆除。将厨房改为卫生间，实际上改变了房屋的使用功能，可能违反规划用途。
住宅设计规范：
- 《住宅设计规范》(GB50096-2011)明确规定了：“卫生间不应直接布置在下层住户的卧室、起居室(厅)、厨房、餐厅的上层”。这一规定属于强制性条文，必须严格执行。将厨房管道改到卫生间，且卫生间位置设置在下层住户厨房上方，显然违反了这一规定。
民法典与相邻关系：
- 根据《中华人民共和国民法典》，业主行使权利不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。将厨房改为卫生间，可能给下层住户造成心理不适，对其居住生活亦会造成不良影响，如异味、噪音等，从而损害相邻业主的合法权益。
二、实际案例与判决
- 已有实际案例表明，楼上将厨房改为卫生间，正对楼下厨房，法院判决要求恢复原状。例如，北京市第三中级人民法院对一起相邻关系纠纷作出终审判决，认定住房和城乡建设部发布的《住宅设计规范》中规定的“卫生间不应直接布置在下层住户的卧室、起居室(厅)、厨房和餐厅的上层”的条款，属于强制性条文，改动房屋结构后让卫生间部分区域对着楼下厨房，属于违规。
三、法律后果与责任
- 私自将厨房管道改到卫生间，且卫生间位置设置在下层住户厨房上方，不仅违反法律法规和规范性文件，还违背公序良俗，损害楼下住户合法权益。
- 受害业主有权请求违规业主停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失，并可要求装修公司停止违规施工。
- 违规业主拒不履行义务时，受害业主可向相关行政主管部门报告或投诉，由行政部门依法处理。
四、建议与措施
- 充分了解法规：在进行房屋改造前，业主应详细了解并遵守相关法律法规和规范性文件的要求，特别是关于房屋结构、使用功能和相邻关系方面的规定。
- 申报审批：如需改变房屋结构或用途，应提前向相关部门申报审批，获得批准后方可施工。未经审批擅自改动，可能面临法律责任。
- 尊重他人权益：在改造过程中，应充分考虑相邻业主的合法权益，避免造成不必要的纠纷和损失。特别是关于排水管道、卫生间位置等敏感问题的改动，需提前与邻居沟通并达成共识。
- 专业咨询：建议在进行房屋改造前咨询专业律师或建筑师，确保改造计划符合法律法规要求，降低法律风险。
综上所述，将厨房管道改到卫生间，且卫生间位置设置在下层住户厨房上方，是不合法的行为。业主在进行房屋改造时，务必谨慎行事，严格遵守相关法律法规和规范性文件的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。