农村信用社贷款逾期三年且每月扣款，应主动与农村信用社沟通，寻求解决方案，如申请展期、调整还款计划或协商减免部分利息等。

一. 分析逾期情况

1. 逾期后果：根据《中华人民共和国民法典》第六百七十六条，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。你已逾期三年，意味着除了本金，还需支付大量的逾期利息。
2. 扣款行为：农村信用社每月扣款，可能是自动从你的关联账户中划扣，用于偿还部分贷款本息。若账户余额不足，可能导致扣款失败，进一步影响信用记录。

二. 解决方案

1. 主动沟通：尽快与农村信用社联系，说明逾期原因和当前经济状况，表达还款意愿。
2. 申请展期或调整还款计划：根据《中华人民共和国民法典》第六百七十八条，你可以向农村信用社申请展期或调整还款计划，以减轻还款压力。
3. 协商减免部分利息：鉴于你已逾期三年，可以尝试与农村信用社协商减免部分逾期利息，以降低还款总额。

三. 注意事项

1. 避免进一步逾期：确保与农村信用社达成协议后，按时履行还款义务，避免再次逾期。
2. 维护信用记录：及时还款有助于改善信用记录，为未来申请贷款或信用卡打下良好基础。

我建议你尽快与农村信用社沟通，寻求合适的解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。